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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中的oplsaa是什么版本，2001or2005
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gsln

铜虫 (初入文坛)

[求助] gromacs中的oplsaa是什么版本，2001or2005

想用gromacs，opls力场做模拟，结果力场参数不够。看别人类似的文章说是opls2005力场，而gromax中opls力场给的引用文献为2001,请问gromacs自带的opls力场是什么版本？
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1楼 2013-04-18 22:19:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你得看看你自己所使用的gromacs版本吧？
你打一个 pdb2gmx 回车就可以看到：
比如我的版本：

Select the Force Field:
From '/share/gromacs/top':
1: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 24, 1999-2012, 2003)
2: AMBER94 force field (Cornell et al., JACS 117, 5179-5197, 1995)
3: AMBER96 force field (Kollman et al., Acc. Chem. Res. 29, 461-469, 1996)
4: AMBER99 force field (Wang et al., J. Comp. Chem. 21, 1049-1074, 2000)
5: AMBER99SB force field (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)
6: AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)
7: AMBERGS force field (Garcia & Sanbonmatsu, PNAS 99, 2782-2787, 2002)
8: CHARMM27 all-atom force field (with CMAP) - version 2.0
9: GROMOS96 43a1 force field
10: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)
11: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)
12: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
13: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
14: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)
15: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using full solvent charges
16: [DEPRECATED] Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges
17: [DEPRECATED] Gromacs force field (see manual)
18: [DEPRECATED] Gromacs force field with hydrogens for NMR
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2楼2013-04-18 22:24:29
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gsln

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-18 22:24:29
你得看看你自己所使用的gromacs版本吧？
你打一个 pdb2gmx 回车就可以看到：
比如我的版本：

Select the Force Field:
From '/share/gromacs/top':
1: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 2 ...

我的和你一样。在哪能下到opls更新一点的版本？参数会多谢吗
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3楼2013-04-19 09:27:03
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gsln: 金币+5, ★有帮助 2013-04-20 09:47:31
引用回帖:
3楼: Originally posted by gsln at 2013-04-19 09:27:03
我的和你一样。在哪能下到opls更新一点的版本？参数会多谢吗...

1、你去下载最新的gromacs 版本看看，也许最新的版本有呢
2、如果gromacs的新版本里没有的话，你直接根据文献把opls 新的参数引入进来也行啊
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4楼2013-04-19 09:30:22
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gsln

铜虫 (初入文坛)
内容已删除
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5楼2013-04-19 09:36:22
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gsln

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gsln at 2013-04-19 09:36:22
我用的就是刚下的最新版gromacs，里面是2001年的opls，看来只能去到文献中找了。...

文献中只给出了opls改进的思路，为给出具体参数啊，怎么弄
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6楼2013-04-19 11:03:34
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tim562944200

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-18 22:24:29
你得看看你自己所使用的gromacs版本吧？
你打一个 pdb2gmx 回车就可以看到：
比如我的版本：

Select the Force Field:
From '/share/gromacs/top':
1: AMBER03 force field (Duan et al., J. Comp. Chem. 2 ...

请问你这个版本中是不是没有OPLS-UA或是其他的联合原子力场？ 谢谢了
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7楼2014-01-13 15:24:21
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