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lyfxie8607木虫 (著名写手)
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[求助]
300金币再开一帖，欢迎了解的朋友赐教
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本人已经发过一个有关ABF模拟的帖子，在此首先感谢虫友yuxiaolin，本人受益匪浅。 但还有新的疑问，请各位了解的朋友不吝赐教，欢迎指正。 原帖内容如下： 所用软件：NAMD 模拟方法：ABF simulation 模拟对象：离子通道（膜蛋白） 单离子穿越通道模拟PMF(Potential means of force) 问题：投文章，审稿人给的意见如下 It is particularly striking that the PMF is asymmetric (different end point values between cytosolic and extracellular sides although - under periodic boundary conditions - the final ion activities are identical). This hints at a massive hysteresis or nonergodicity problem that needs to be clarified and remedied. 大概意思是生成的PMF曲线不对称。一般情况下PMF给出的数据曲线为对称的（说对称也不是很准确，应该是曲线的起点和终点的数值应该相近，红圈标出的位置应该都在0附近，如图一）。而我做的两条曲线（红线和蓝线）的起点和终点的差距比较大，如图二中的红圈部分所示。审稿人提示说是hysteresis（磁滞）或nonergodicity（非遍历性）的问题。 新的疑问: 个人理解的，觉得可能是这个原因导致的PMF起始端和末端不一致。 审稿人认为曲线两端应该是“对称”的，因为我设置了周期边界条件（periodic boundary conditions），所以可以认为离子在其穿越方向是连续跨膜，既超出周期边界的话离子会回到其原点，所以曲线两端是一致的。 可是我仔细查看了体系和模拟的条件发现个问题，模拟的离子在z轴方向跨通道的距离（82 Å）远小于设置的周期边界z轴的距离（130 Å），所以离子不可能超出周期边界，而使曲线两端的值一致。因为没有达到是离子相当于回到原点的条件，所以PMF不是对称的（如图三）。我是自己这样理解的，但是怕审稿人是这方面的“专家”，说错了反而伤到自己。 请问各位虫友，这个观点是否站得住脚？ 集中的焦点在于周期边界条件，因为ABF模拟会给离子在z轴方向施加一个力，如果z轴的周期边界很大是不是就不算是连续跨通道模型了呢？  示意图.jpg |
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2楼2013-04-05 12:23:59
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2013-04-06 09:02:50
lyfxie8607: 金币+150, ★★★很有帮助 2013-04-06 09:36:18
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图形很说明问题。起始端和终止端的环境不等价，即使是加上周期性边界条件。 PMF应该是不对称的。否则，能量曲线在两端也应该是对称的。 G=E-TS+PV 你应该是做NPT模拟，在起始端和终端，S 和 V变化应该很小。 所以两端的自由能差deltaG～deltaE 从你的结果上看，G和Econsistent。 |
3楼2013-04-06 04:22:42
wlalnut
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lyfxie8607
木虫 (著名写手)
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