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nnipp金虫 (小有名气)
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[求助]
如何得到指定原子上的电荷密度差
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| 如题，得到这个体系的电子密度cube以后，如何指定原子得到某些原子上的电子密度差分图？ |
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 量化计算 |
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活性物种A与骨架B有氢键作用时，如果要分析B对A的影响，可以做AB与A、B的密度差。这又分两种情况： 1、求AB的wfn文件AB. Wfn，象上面sobereva博士讲的那样，在multiwfn中将AB分成两个分子片，得到A. wfn和B. wfn，做AB. Wfn-A. wfn-B. wfn。因为AB与A、B都是取的AB的MO系数，原子上的密度都抵消了，这样得到的只是两个分子片之间的重叠布居电荷的情况，没有掩盖的问题。 2、求AB的wfn文件AB. Wfn，然后从AB的分子坐标中，分别摘取A、B的坐标。得到A、B的坐标后，对A、B作为对立的分子进行计算，分别得到A. wfn和B. wfn，再作AB. Wfn-A. wfn-B. wfn，得到电子密度差。这时是将A、B作为对立的分子进行计算的，活性物种A与骨架B的刚性部分也是抵消了，得到的只是B对A的影响所引起的电子密度净变化。 3、如果是自己设计的AB坐标，A、B应是分开的，分别删除部分坐标形成A、B的坐标即可。如果是AB坐标从晶体中来，A、B的坐标是混杂的，需要在GV中将图展开，标记上原子的序列号，识别并记录A、B原子的坐标编号，在GV中进入坐标的表格表示，分两次从后往前按编号逐一删去A得B，删去B得A。 4、进一步可以将活性物种A与骨架B和被催化分子C作为一个系综，求BAC. Wfn-BA. wfn-C. wfn，这时可以看见催化剂BA对C的影响。 要注意的是：BA与C仅是范德华作用时，要考虑你的计算方法是否能胜任计算范德华作用。 5、分析2、4的电子密度差，可能很复杂，要将图像摆好方位，以便识别，还要结合MO系数来考察、认定。 [ Last edited by zhou2009 on 2013-3-31 at 12:05 ] |
nnipp7楼2013-03-31 10:02:25
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