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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 谁来说说Illumina 、454 、ABI 测序的区别
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sunjiankc

铁虫 (初入文坛)

[交流] 谁来说说Illumina 、454 、ABI 测序的区别 已有6人参与

同为高通量测序，来讨论讨论吧。
就用过454测土壤细菌多样性，后来听说Illumina数据量更大，只是读长短一些。
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1楼 2013-03-27 19:49:17
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
现在ILLMUNINA赌场也跟上来了,454快被淘汰了, ABI就是sanger测序,第一代的测序技术,后者是next generation sequencing
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
2楼2013-03-27 23:20:13
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sadc

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
内容已删除
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3楼2013-03-28 07:18:13
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sunjiankc

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sadc at 2013-03-28 07:18:13
ABI可能指的他收购的Ion Torrent。因为原理的问题，Ion Torrent错读的概率比Roche和Illumina的高出来一截。其他处理时间上面也没有什么优势，貌似感觉都快要消失了。...

意思是会马上被三代测序替代？就是那个megagenom？
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4楼2013-03-28 09:24:10
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sadc

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
4楼: Originally posted by sunjiankc at 2013-03-28 09:24:10
意思是会马上被三代测序替代？就是那个megagenom？...

晕~
Illumina的、Roche的、ABI的，都是二代测序技术算是。
也有一些号称为三代测序的技术，比如Pacific Biosciences的什么。主要特征是单分子测序。
二代测序虽然快，但仍然需要扩增才有足够的量来测序。而扩增过程本身不同的基因会有一定的偏好性，做基因组没问题，但做转录组测序问题就有点突出了。
三代号称都是不需要扩增，样品量极少就可以直接测的，感觉更准一样的。但实现上现在有很多问题，还不成熟。主要就是错读率还是有点高。
Metagenome、转录组什么这些，这是这些高通量测序技术的应用而已。不管用什么高通量测序技术，几乎都可以做的。
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5楼2013-03-28 21:19:05
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★
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我个人认为 俗称的ABI，还是专指一代测序，那也是ABI最风光的年代。
后来变成了Life Technologies，之后才有了Ion torrent 和proton。
目前illumina的MiSeq 读长可以到2*300 bp， 大通量的HiSeq也能到2*150 bp。已经算很长的了。
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6楼2013-08-19 16:53:56
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-08-19 16:53:56
我个人认为 俗称的ABI，还是专指一代测序，那也是ABI最风光的年代。
后来变成了Life Technologies，之后才有了Ion torrent 和proton。
目前illumina的MiSeq 读长可以到2*300 bp， 大通量的HiSeq也能到2*150 bp。已 ...

说得对。abi被life收购后，life又收购了Ion torrent 和proton。abi有自己的测序仪，叫ABI SOLiD se-quencer，用的人很少，看文章很少用这个来测得，life在不久前又被赛默飞收购了。从此以后测序巨头就是illumina，roche和life了。roche因为测序时间和通量的问题，已经宣布在2016年淘汰454测序了。

现在测序是一家独大：illumina。长度越来越长，q越来越高，时间越来越短，操作越来越简单，价格越来越低。现在不都号称是“一天一个基因组”，“一千美元成本费”。很多公司恶意收购illumina都没成功，包括roche，报价好几次都被拒绝了。

三代测序就是单分子测序。基本就是纳米孔测序进入市场了。

上面有人说“二代测序虽然快，但仍然需要扩增才有足够的量来测序。而扩增过程本身不同的基因会有一定的偏好性，做基因组没问题，但做转录组测序问题就有点突出了”，对我真的受益匪浅。谢谢谢谢
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7楼2014-05-14 11:14:07
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sunjiankc

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gaoyang636 at 2013-08-19 16:53:56
我个人认为 俗称的ABI，还是专指一代测序，那也是ABI最风光的年代。
后来变成了Life Technologies，之后才有了Ion torrent 和proton。
目前illumina的MiSeq 读长可以到2*300 bp， 大通量的HiSeq也能到2*150 bp。已 ...

illumina的MiSeq如果能测到300bp，做环境微生物多样性应该可以鉴定到种的，现在测的都是到属水平，不够用啊
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8楼2014-05-14 22:53:50
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fengting0327
9楼2015-06-30 10:54:24
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jam2015

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
刚看到有石墨烯纳米孔测序，根据碱基进入孔电位变化进行测序，一秒钟测600亿个碱基
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10楼2016-01-21 16:53:50
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