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zhoudeyuan

银虫 (小有名气)

[求助] 纳米压痕过程中程序出错,哪位大神帮我解答下!

我的纳米压痕程序如下,运行结束后,牛顿原子层很不稳定,且log文件提示错误,不知道哪位大神能够帮我解答下,小弟万分感谢!
# 3d contact simulation(Sphere_Slid)

units        metal
dimension    3   
boundary    p p p

atom_style    atomic
neighbor    3.0 bin
neigh_modify    delay 5
newton        on

# create geometry

region        box block 0.0 40.0 0.0 40.0 0.0 50.0 units box
create_box    4 box

mass        1 29.0
mass        2 29.0
mass        3 29.0
mass        4 12.0

# atom regions
region        reg block 0.0 40.0 0.0 40.0 0.0 25.0 units box
region        reg1 block 3.0 37.0 3.0 37.0 3.0 25.0 units box
region        newtonian_layer block 8.0 32.0 8.0 32.0 8.0 25.0 units box
region        asperity sphere 20 20 30 5 units box

lattice       diamond 5.431        
create_atoms    1 region reg units box
lattice        diamond 3.5667
create_atoms    2 region asperity units box

# Tersoff Potentials

pair_style    tersoff
pair_coeff    * * SiC.tersoff Si Si Si C

# define groups

group        reg region reg
group        reg1 region reg1
group        newtonian_layer region newtonian_layer
group        thermostat_layer subtract reg1 newtonian_layer
group        boundary_layer_down subtract reg reg1
group        asperity region asperity

group        integrater union reg asperity

set           group newtonian_layer type 1
set           group thermostat_layer type 2
set           group boundary_layer_down type 3
set           group asperity type 4

# initial velocities

compute        newTemp thermostat_layer temp
velocity    thermostat_layer create 293.0 5812775 temp newTemp units box

# fixed

fix        1 integrater nve
fix        2 boundary_layer_down setforce 0.0 0.0 0.0

velocity    newtonian_layer set NULL NULL NULL units box
velocity    thermostat_layer create 293.0 5812775 temp newTemp units box
fix        3 thermostat_layer temp/rescale 10 293.0 293.0 10 1
fix_modify    3 temp newTemp
fix             4 asperity setforce 0.0 0.0 0.0


compute        forcez newtonian_layer property/atom fz
compute        force  newtonian_layer reduce sum c_forcez

compute        forcex newtonian_layer property/atom fx
compute        lateralforce  newtonian_layer reduce sum c_forcex            

timestep    0.001
thermo        5

thermo_style    custom step temp press pe ke etotal c_force c_lateralforce vol
thermo_modify    temp newTemp
dump        1 all atom 50 dump.contact_block_slid

fix        6 asperity move linear 0.0 0.0 -1.0 units box
run        2000

fix        6 asperity move linear 0.0 0.0 1.0 units box
run        2000
log文件出错:
WARNING: Temperature for thermo pressure is not for group all (thermo.cpp:432)
WARNING: One or more atoms are time integrated more than once (modify.cpp:216),
我不知道问题出在哪儿了,希望高手给予指点,谢谢!
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闵磊子

银虫 (小有名气)

送红花一朵
请问如何把你这里的文件保存成lammps例子那样的格式啊,我直接复制,不会弄
8楼2015-04-01 23:01:45
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhoudeyuan: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-03-22 09:22:42
zhoudeyuan: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-03-23 16:15:02
第一个问题手册里有说明。 第二个是对asperity的原子重复移动了, integrater组理包含了asperity, 所以fix        1 integrater nve
对asperity的原子多了一次位移。
2楼2013-03-22 09:02:09
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zhoudeyuan

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-03-22 09:02:09
第一个问题手册里有说明。 第二个是对asperity的原子重复移动了, integrater组理包含了asperity, 所以fix        1 integrater nve
对asperity的原子多了一次位移。

嗯,谢谢你!
在这个世界上,你必须成为你希望看到的改变!
3楼2013-03-22 09:21:32
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

第一个问题, 手册里说明了, 部分的thermo参数无法准确表示整个热压。 把对象设为all就可以了。
4楼2013-03-22 11:29:18
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