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zhoudeyuan

银虫 (小有名气)

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[求助] 纳米压痕过程中程序出错，哪位大神帮我解答下！

我的纳米压痕程序如下，运行结束后，牛顿原子层很不稳定，且log文件提示错误，不知道哪位大神能够帮我解答下，小弟万分感谢！
# 3d contact simulation(Sphere_Slid)

units       metal
dimension 3
boundary p p p

atom_style atomic
neighbor 3.0 bin
neigh_modify delay 5
newton       on

# create geometry

region       box block 0.0 40.0 0.0 40.0 0.0 50.0 units box
create_box 4 box

mass       1 29.0
mass       2 29.0
mass       3 29.0
mass       4 12.0

# atom regions
region       reg block 0.0 40.0 0.0 40.0 0.0 25.0 units box
region       reg1 block 3.0 37.0 3.0 37.0 3.0 25.0 units box
region       newtonian_layer block 8.0 32.0 8.0 32.0 8.0 25.0 units box
region       asperity sphere 20 20 30 5 units box

lattice    diamond 5.431
create_atoms 1 region reg units box
lattice       diamond 3.5667
create_atoms 2 region asperity units box

# Tersoff Potentials

pair_style tersoff
pair_coeff * * SiC.tersoff Si Si Si C

# define groups

group       reg region reg
group       reg1 region reg1
group       newtonian_layer region newtonian_layer
group       thermostat_layer subtract reg1 newtonian_layer
group       boundary_layer_down subtract reg reg1
group       asperity region asperity

group       integrater union reg asperity

set          group newtonian_layer type 1
set          group thermostat_layer type 2
set          group boundary_layer_down type 3
set          group asperity type 4

# initial velocities

compute       newTemp thermostat_layer temp
velocity thermostat_layer create 293.0 5812775 temp newTemp units box

# fixed

fix       1 integrater nve
fix       2 boundary_layer_down setforce 0.0 0.0 0.0

velocity newtonian_layer set NULL NULL NULL units box
velocity thermostat_layer create 293.0 5812775 temp newTemp units box
fix       3 thermostat_layer temp/rescale 10 293.0 293.0 10 1
fix_modify 3 temp newTemp
fix          4 asperity setforce 0.0 0.0 0.0

compute       forcez newtonian_layer property/atom fz
compute       force  newtonian_layer reduce sum c_forcez

compute       forcex newtonian_layer property/atom fx
compute       lateralforce  newtonian_layer reduce sum c_forcex

timestep 0.001
thermo       5

thermo_style custom step temp press pe ke etotal c_force c_lateralforce vol
thermo_modify temp newTemp
dump       1 all atom 50 dump.contact_block_slid

fix       6 asperity move linear 0.0 0.0 -1.0 units box
run       2000

fix       6 asperity move linear 0.0 0.0 1.0 units box
run       2000
log文件出错：
WARNING: Temperature for thermo pressure is not for group all (thermo.cpp:432)
WARNING: One or more atoms are time integrated more than once (modify.cpp:216)，
我不知道问题出在哪儿了，希望高手给予指点，谢谢！

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闵磊子

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请问下玻璃做纳米压痕有什么用？已经有12人回复

在这个世界上，你必须成为你希望看到的改变！

1楼 2013-03-20 20:32:00

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zhoudeyuan

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引用回帖:

2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-03-22 09:02:09
第一个问题手册里有说明。第二个是对asperity的原子重复移动了， integrater组理包含了asperity，所以fix 1 integrater nve
对asperity的原子多了一次位移。

嗯，谢谢你！

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