24小时热门版块排行榜    

查看: 1877  |  回复: 7

zhl1987091

木虫 (小有名气)

[求助] discover做能量最小化的时候总是计算失败(如图1)

我做的是油水界面的模拟,建立完表面活性剂分子后,使用discover做能量最小化的时候总是计算失败(如图1),这个计算不出来构建晶胞的话也提示这样(如图2),求各位大神给予帮助,谢谢了!!!! 坐等答案!

1.png



2.png
回复此楼
追求卓越
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 赞,精辟! 2013-03-18 15:25:15
你要看详细的错误报告 分析一下是charm没跑起来 还是你的结构不合理造成失败 这么笼统的问 大家比你还迷茫
2楼2013-03-18 10:32:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yaozhq at 2013-03-18 10:32:35
你要看详细的错误报告 分析一下是charm没跑起来 还是你的结构不合理造成失败 这么笼统的问 大家比你还迷茫

好的!
追求卓越
3楼2013-03-18 11:08:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)

File Type                Name
---------                ----

Forcefield                E:\NEWFOL~1\MATERI~1.0X6\share\Discover\res/compass.frc
Molecular data                3D_Atomistic.mdf
Coordinate                3D_Atomistic.car

Error: Energy expression: cannot find parameters for consolidated-torsion: C4(c3a)-O1(o2e)-S1(s3=)-O2(o1=)
Error: Energy expression: cannot find parameters for consolidated-torsion: C4(c3a)-O1(o2e)-S1(s3=)-O3(o1=)
    invoked from within
"minimize \
    method = newton \
    iteration_limit = 5000 \
         sd \
            convergence = 1000.0000000 \
            line_search_precision ..."

Total time used by DISCOVER: 0.17 secs

Completion date: Mon Mar 18 11:11:44 2013
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
追求卓越
4楼2013-03-18 11:13:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhl1987091 at 2013-03-18 11:13:50
File Type                Name
---------                ----

Forcefield                E:\NEWFOL~1\MATERI~1.0X6\share\Discover\res/compass.frc
Molecular data                3D_Atomistic.mdf
Coordinate                3D_Atomistic.car

Error: Energy expression: ca ...

cannot find parameters for consolidated-torsion: C4(c3a)-O1(o2e)-S1(s3=)-O2(o1=)
感觉是力场使用的不对,提示找不到参数
壁立万仞,无欲则刚
5楼2013-03-18 16:34:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵亚燊

铜虫 (初入文坛)

感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 应助指数-1, 没有应助不要点应助回帖 2013-03-18 20:21:20
这个问题,我也遇到了,求指点!那个貌似是什么扭转力矩什么的,在哪里设置啊?
6楼2013-03-18 18:40:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhl1987091

木虫 (小有名气)


chaizhm: 金币+1, 鼓励一下~ 2013-03-19 08:55:10
哈哈,问题终于解决了,竟然把磺酸基的分子式写错了!
有同样问题的,也自己检查一下自己的分子式是不是有问题啊!!
追求卓越
7楼2013-03-18 19:36:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

onionloven

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhl1987091 at 2013-03-18 19:36:58
哈哈,问题终于解决了,竟然把磺酸基的分子式写错了!
有同样问题的,也自己检查一下自己的分子式是不是有问题啊!!

请问哪里有要写分子式?
8楼2015-08-31 22:48:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhl1987091 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 wsYGJnURYvm6 2026-08-31 3/150 2026-09-01 01:52 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 EZ67DG6CvcKL 2026-08-31 3/150 2026-08-31 22:12 by o3EMxHUAQDtS
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +6 zhaosm1982 2026-08-27 7/350 2026-08-31 21:18 by qdxxmc
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉? +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 为什么到现在没收到通知? +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
请填处理意见