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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » Transiesta/TBTrans计算8ZGNR的透射系数不正确
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tsh8167

木虫 (小有名气)

[求助] Transiesta/TBTrans计算8ZGNR的透射系数不正确

我正在用transiesta计算8ZGNR的电子透射系数，但结果很不理想，特来求助各位大侠。
我计算的8ZGNR是用VASP优化好，再导到transiesta里进行电学性质的计算的。transiesta里计算的时候，固定自旋为反铁磁(基态)，即上边缘为自旋向上，下边缘为自旋向下。以下是我用ATK和Transiesta得到的8ZGNR的能带和透射系数对比：


之前我用Transiesta/TBTrans计算4ZGNR的时候，就没出现过这样的问题，如下：


后来我试着用Siesta优化8ZGNR，再计算电子透射系数，得到的结果跟之前的一样。我也仔细检查过我的输入文件，没发现哪里出问题了，很纠结。以下是我的散射区的fdf文件内容：
ystemName  scat.fast
SystemLabel scat.fast

==================================================
==================================================
# SPECIES AND BASIS

# Number of species
NumberOfSpecies 2
%block ChemicalSpeciesLabel
1   6   C
2   1   H
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisSize    SZP
PAO.EnergyShift  0.01 Ry

==================================================
==================================================
# K-points

%block kgrid_Monkhorst_Pack
1   0   0   0.0
0   1   0   0.0
0   0   100  0.0
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

==================================================
==================================================
# UNIT CELL AND ATOMIC POSITIONS

# UNIT CELL
LatticeConstant       1 Ang
%block LatticeVectors
        31.447    0.000000    0.0000
        0.000000    16          0.000000
        0.0000    0.000000    14.6721214568403031
%endblock LatticeVectors

#%block LatticeParameters
#    39.3063 30  12.305  90 90 90
#%endblock LatticeParameters

# Atomic coordinates
NumberOfAtoms 108
AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
25.54992875   8.00000000    0.08737986    1
11.34539922   8.00000000    0.08739615    1
24.11596647   8.00000000    0.08751703    1
12.77933874   8.00000000    0.08754276    1
21.28329737   8.00000000    0.08765518    1
15.61196043   8.00000000    0.08767928    1
19.86434312   8.00000000    0.08773778    1
17.03091672   8.00000000    0.08774681    1
23.41193042   8.00000000    1.30993915    1
13.48334082   8.00000000    1.30996740    1
21.99017655   8.00000000    1.31005845    1
14.90507388   8.00000000    1.31008956    1
19.15680060   8.00000000    1.31032559    1
17.73847055   8.00000000    1.31032827    1
10.66743519   8.00000000    1.31042762    1
26.22788040   8.00000000    1.31043263    1
9.56814788    8.00000000    1.31249186    2
27.32718692   8.00000000    1.31256408    2
21.28335450   8.00000000    2.53282729    1
24.11492223   8.00000000    2.53283214    1
25.54867389   8.00000000    2.53283434    1
11.34661250   8.00000000    2.53283795    1
12.78035120   8.00000000    2.53285223    1
15.61190095   8.00000000    2.53285822    1
19.86438132   8.00000000    2.53290624    1
17.03087465   8.00000000    2.53290876    1
19.15679420   8.00000000    3.75560296    1
17.73846593   8.00000000    3.75560452    1
23.41132533   8.00000000    3.75560482    1
26.22706464   8.00000000    3.75560520    1
10.66823389   8.00000000    3.75560592    1
13.48392710   8.00000000    3.75562665    1
21.98970743   8.00000000    3.75563808    1
14.90553101   8.00000000    3.75567042    1
9.56891443    8.00000000    3.75598461    2
27.32640662   8.00000000    3.75602090    2
19.86413072   8.00000000    4.97828210    1
17.03111508   8.00000000    4.97828482    1
21.28289317   8.00000000    4.97828926    1
25.54863404   8.00000000    4.97830032    1
11.34664044   8.00000000    4.97831034    1
24.11487321   8.00000000    4.97831042    1
15.61235542   8.00000000    4.97831750    1
12.78039351   8.00000000    4.97833379    1
26.22752354   8.00000000    6.20092941    1
10.66776309   8.00000000    6.20093947    1
27.32704752   8.00000000    6.20096252    2
9.56825679    8.00000000    6.20096652    2
19.15669870   8.00000000    6.20098314    1
17.73855713   8.00000000    6.20098970    1
23.41120129   8.00000000    6.20102264    1
13.48404358   8.00000000    6.20104871    1
21.98944141   8.00000000    6.20104895    1
14.90579085   8.00000000    6.20107895    1
24.11489314   8.00000000    7.42363798    1
25.54888514   8.00000000    7.42365328    1
12.78036835   8.00000000    7.42366706    1
11.34638102   8.00000000    7.42367160    1
21.28274696   8.00000000    7.42370868    1
15.61249946   8.00000000    7.42373121    1
19.86387815   8.00000000    7.42382243    1
17.03136937   8.00000000    7.42383630    1
23.41118046   8.00000000    8.64630386    1
13.48406186   8.00000000    8.64633335    1
27.32677499   8.00000000    8.64636754    2
9.56853785    8.00000000    8.64641099    2
21.98952448   8.00000000    8.64641475    1
26.22739557   8.00000000    8.64642892    1
14.90570630   8.00000000    8.64643956    1
10.66789465   8.00000000    8.64645788    1
19.15668166   8.00000000    8.64667207    1
17.73857590   8.00000000    8.64668194    1
24.11473582   8.00000000    9.86895822    1
25.54850686   8.00000000    9.86896754    1
12.78053100   8.00000000    9.86899409    1
11.34676483   8.00000000    9.86899912    1
21.28298054   8.00000000    9.86916683    1
15.61226723   8.00000000    9.86918551    1
19.86417942   8.00000000    9.86929807    1
17.03106848   8.00000000    9.86932019    1
27.32624002   8.00000000    11.09156248   2
9.56907233    8.00000000    11.09163015   2
26.22694208   8.00000000    11.09168453   1
10.66834976   8.00000000    11.09171634   1
23.41133765   8.00000000    11.09172315   1
13.48391155   8.00000000    11.09175659   1
21.98971027   8.00000000    11.09185368   1
14.90552638   8.00000000    11.09187990   1
19.15683339   8.00000000    11.09205908   1
17.73843172   8.00000000    11.09206818   1
25.54861810   8.00000000    12.31438261   1
11.34666240   8.00000000    12.31441152   1
24.11495806   8.00000000    12.31446905   1
12.78031022   8.00000000    12.31449980   1
19.86442169   8.00000000    12.31471670   1
17.03083737   8.00000000    12.31473816   1
21.28338121   8.00000000    12.31476269   1
15.61187680   8.00000000    12.31478205   1
27.32747399   8.00000000    13.51978420   2
9.56785841    8.00000000    13.53488109   2
26.22806722   8.00000000    13.53652016   1
10.66724793   8.00000000    13.53655525   1
23.41190762   8.00000000    13.53726870   1
19.15681140   8.00000000    13.53729045   1
13.48335749   8.00000000    13.53729058   1
17.73846125   8.00000000    13.53729719   1
21.99019515   8.00000000    13.53732545   1
14.90505369   8.00000000    13.53734999   1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

==================================================

==================================================
# General variables

ElectronicTemperature  300 K
MeshCutoff           150. Ry
xc.functional         LDA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            CA
SpinPolarized  T
SolutionMethod   Transiesta

==================================================
==================================================
# SCF variables

PAO.EnergyShift  0.01 Ry
PAO.SoftInnerRadius 0.8
MaxSCFIterations      300           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.1          # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference
DM.UseSaveDM          F          # to use continuation files
DM.NumberPulay         5
Diag.DivideAndConquer  no
Diag.ParallelOverK     yes

%block DM.InitSpin
1  +
2  -
15 -
16 +
21 +
22 -
30 +
31 -
40 +
41 -
45 +
46 -
56 +
58 -
68 +
70 -
74 +
76 -
83 +
84 -
91 +
92 -
101 +
102 -
%endblock DM.InitSpin
==================================================
==================================================
# MD variables

MD.FinalTimeStep 1
MD.TypeOfRun CG
MD.NumCGsteps     000
#MD.UseSaveXV      .true.

==================================================
==================================================
# Output variables

WriteMullikenPop               3
WriteBands                      .false.
SaveRho                         .false.
SaveDeltaRho                    .false.
SaveHS                          T
SaveElectrostaticPotential      True
SaveTotalPotential              no
WriteCoorXmol                   .true.
WriteMDXmol                     .true.
WriteMDhistory                  .false.
WriteEigenvalues                yes

==================================================
==================================================

# Transiesta information

# GF OPTIONS
TS.ComplexContour.Emin    -25 ev
TS.ComplexContour.NPoles       04
TS.ComplexContour.NCircle      30
TS.ComplexContour.NLine        10
TS.BiasContour.Eta 0.01 ev
# BIAS OPTIONS
TS.biasContour.NumPoints       00


# TS OPTIONS
TS.Voltage 0.000000 eV

# TBT OPTIONS
TS.TBT.Emin -2.0 eV
TS.TBT.Emax +2.0 eV
TS.TBT.NPoints 401
TS.TBT.NEigen 3

# Write hamiltonian
TS.SaveHS   .true.

# LEFT ELECTRODE
TS.HSFileLeft  ./elec.fast.TSHS
TS.ReplicateA1Left    1
TS.ReplicateA2Left    1
TS.NumUsedAtomsLeft   36
TS.BufferAtomsLeft    0

# RIGHT ELECTRODE
TS.HSFileRight  ./elec.fast.TSHS
TS.ReplicateA1Right   1
TS.ReplicateA2Right   1
TS.NumUsedAtomsRight 36
TS.BufferAtomsRight   0

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1楼 2013-03-14 14:49:39
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单明
4楼2013-03-16 14:34:12
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tsh8167

木虫 (小有名气)
追加一句：
我的电极部分取自中间散射区的前面36个原子(因为是理想石墨纳米带)。
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-14 15:03:35
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willy123

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
tsh8167: 金币+5, ★有帮助, 谢谢回复！我先按你的意见试试…… 2013-03-24 17:12:04
看了下，感觉定性差别不大，主要是transiesta算的峰太尖锐

不知道你调整一下TS.TBT.NEigen，调大一些不知道怎么样。
赞一下 回复此楼
www.deepyou.com
5楼2013-03-22 10:09:30
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lisi2007

新虫 (小有名气)
楼主，你好，我是个新手，如果你还有transiesta的教程能发一份给我吗？小木虫里我找了下没找到，麻烦你了，谢谢啊
赞一下 回复此楼
6楼2013-12-23 13:15:25
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