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luomia

木虫 (著名写手)


[交流] 在VMD中通过不同的平面选择原子

将dump文件导入VMD之后,可以设置不同的条件选择原子。初步想法是通过鼠标选择其中的3个原子(构成一个平面),选择平面上/下的原子部分,可以更方便观察内部结构。

即步骤:
1.获取鼠标选择的3个原子坐标
2.通过计算,得到平面参数
3.设定选择平面上/下的原子

步骤2,3没有问题,但不知道如何能得到鼠标选择的原子信息。VMD中有个鼠标模式pick可以将选择的单个原子信息(包含坐标)输出到屏幕,谁能说一下这个pick调用的函数在安装文件的什么地方。或者如何编程在tcl中得到鼠标的位置信息。
请大家支支招。
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)



luomia(金币+1): 谢谢参与
支持这种创新的想法和实现,学习
7楼2013-03-13 19:07:49
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luomia

木虫 (著名写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by tangbohejin at 2013-03-13 09:52:48

汗,纯表
3楼2013-03-13 11:38:45
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6楼2013-03-13 12:24:20
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luomia

木虫 (著名写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-03-13 19:07:49
支持这种创新的想法和实现,学习

我试过一步步导入的方法,先pick从屏幕上得到三个点坐标值,再导入matlab计算平面参数,然后回到vmd选择原子,结果是可以实现的。但这个过程繁琐,如果要选择多组平面是不方便的。这里面的难点就是如何通过tcl得到鼠标的信息。pick应该也是通过调用内部函数实现的,只是不晓得这个函数的位置。
10楼2013-03-13 20:42:29
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简单回复
2013-03-13 09:52   回复  
luomia(金币+1): 谢谢参与
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