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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 在VMD中通过不同的平面选择原子
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luomia

木虫 (著名写手)

[交流] 在VMD中通过不同的平面选择原子

将dump文件导入VMD之后，可以设置不同的条件选择原子。初步想法是通过鼠标选择其中的3个原子（构成一个平面），选择平面上/下的原子部分，可以更方便观察内部结构。

即步骤：
1.获取鼠标选择的3个原子坐标
2.通过计算，得到平面参数
3.设定选择平面上/下的原子

步骤2，3没有问题，但不知道如何能得到鼠标选择的原子信息。VMD中有个鼠标模式pick可以将选择的单个原子信息（包含坐标）输出到屏幕，谁能说一下这个pick调用的函数在安装文件的什么地方。或者如何编程在tcl中得到鼠标的位置信息。
请大家支支招。
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1楼 2013-03-13 09:27:34
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userhung

禁虫 (文学泰斗)
★ ★ ★ ★ ★ ★
luomia(金币+1): 谢谢参与
jiaoyixiong: 金币+5, 赞！搜索能力真强，鼓励交流 2013-03-13 14:29:14
http://www.mdbbs.org/thread-40083-1-1.html
http://www.mdbbs.org/thread-24453-1-1.html
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2618384
http://blog.163.com/nm_myc_1013/ ... 545520119139953668/
http://www.mdbbs.org/thread-20224-1-1.html
http://www.mdbbs.org/thread-32536-1-1.html
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6楼2013-03-13 12:24:20
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luomia

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tangbohejin at 2013-03-13 09:52:48

汗，纯表
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3楼2013-03-13 11:38:45
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)
★
luomia(金币+1): 谢谢参与
支持这种创新的想法和实现，学习
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7楼2013-03-13 19:07:49
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luomia

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhang_jaj at 2013-03-13 19:07:49
支持这种创新的想法和实现，学习

我试过一步步导入的方法，先pick从屏幕上得到三个点坐标值，再导入matlab计算平面参数，然后回到vmd选择原子，结果是可以实现的。但这个过程繁琐，如果要选择多组平面是不方便的。这里面的难点就是如何通过tcl得到鼠标的信息。pick应该也是通过调用内部函数实现的，只是不晓得这个函数的位置。
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10楼2013-03-13 20:42:29
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tangbohejin2楼
2013-03-13 09:52   回复  
luomia(金币+1): 谢谢参与
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