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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] CCDC索取的MOF的cif文件导入到MS中后显示的结构与文献中的不一致

最近向CCDC那边索要了一个ZIF-7的cif文件,但是在导入MS后发现结构与文献中的相差很大,而且有很多不合理的地方。一开始导入的时候结构中各个原子并没有成键,我用calculate bonds的功能让其成键,成键后发现里面有一些水分子存在,我将这部分原子删除后,又发现结构中的苯环和咪唑有问题,两个苯环或咪唑或者共用其中的两个原子,并呈一定角度,如下图所示。向大家请教一些,这种从CCDC中导入的结构应该怎么处理才能时其与文献报道的一致呢?
cif文件链接:
http://good.gd/2458964.htm
图片2.png
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  • 附件 1 : zif-7.cif
  • 2013-03-08 10:32:15, 14.48 K

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Happy丘丘

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
21楼: Originally posted by pigrass at 2013-11-29 09:21:36
慎用自动生成键的功能,那只是程序自动计算,满足一定cutoff就成键

可以delete bonds
ctrl选中要成键的相邻2个原子,成键

我那个IRMOF-1弄了这么多天还是没搞好 ,你有没有用那个材料做过  这位大神前辈
23楼2014-04-23 21:16:04
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查看全部 23 个回答

cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:14:26
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:18:08
你看下你的文献关于这个结构所引用的参考文献是否与你CCDC中结构的参考文献一致?
2楼2013-03-08 16:39:37
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ter20

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiyiwenren: 金币+3 2013-03-11 14:12:19
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-12 08:17:58
试试用chemcraft或者gaussview
3楼2013-03-11 09:16:04
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ter20 at 2013-03-11 09:16:04
试试用chemcraft或者gaussview

我这边没有这两种软件,也没有用过。不知道你电脑里有没有,如果有的话,麻烦你帮我看下,我已经将cif文件上传到网盘了,谢谢
4楼2013-03-11 14:12:01
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