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cathereen_li

新虫 (初入文坛)

[求助] 我要扩3kb的片段,人的GLDC基因,总是扩不出来,求大侠指点呀 已有2人参与

我要扩增3kb的片段,人的GLDC基因的cDNA,总是扩不出来,求大侠指点呀!!试过了各种办法,两步法也试过了,一开始用pfu酶,后来用taq酶,LA taq也用过了,都P不出来,用taqP出来了一个,但是大小不对。我的体系为25微升体系,程序与体系如下:94度,3分钟;94度,45秒,55度,40秒,72度3分半,30个循环;72度8分钟。体系:上下游引物各一微升,模板视浓度而定,一般为2到5微升,buffer为2.5微升,dNTP为1.5微升,酶为1微升,补水到25微升。小女子论坛新手,金币不太足,还请各位大侠多多包涵~~~~
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biosci

捐助贵宾 (知名作家)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+1, 鼓励发帖交流! 2013-03-04 22:22:15
你提的RNA质量如何?反转录酶质量怎么样,能否扩增3kb的片段
2楼2013-03-04 15:51:35
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爱逍遥

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
检测cDNA的质量如何,如果不行重新合成模板
3楼2013-03-04 16:10:25
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haitian0625

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+2, 鼓励积极发帖帮助解答问题。 2013-03-04 22:22:07
刚用过pfu扩4kb,拙见:95度 5-10min; 95度 30'', 退火温度 30''-60'', 68度延伸 70''/80'', 35-40循环;68度 延伸6-8min. 引物浓度在10p即可。
4楼2013-03-04 21:59:21
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cathereen_li

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by haitian0625 at 2013-03-04 21:59:21
刚用过pfu扩4kb,拙见:95度 5-10min; 95度 30'', 退火温度 30''-60'', 68度延伸 70''/80'', 35-40循环;68度 延伸6-8min. 引物浓度在10p即可。

谢谢您的回复!那您用的pfu酶是哪个公司生产的?我的是thermo家的
5楼2013-03-06 20:58:30
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cathereen_li

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 爱逍遥 at 2013-03-04 16:10:25
检测cDNA的质量如何,如果不行重新合成模板

谢谢您的回复!请问如何检测cDNA的质量?测浓度?我设计引物时设计了我全长片段中的一小段片段的引物,每次用新合成的模板之前都要先用此模板P一下短片段,我认为,如果短片段能P出来,说明此模板中有我的目的基因。不知道这样想对不对
6楼2013-03-06 21:00:56
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cathereen_li

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by biosci at 2013-03-04 15:51:35
你提的RNA质量如何?反转录酶质量怎么样,能否扩增3kb的片段

谢谢您的回复!想向您请教,该如何判断RNA质量?反转录试剂用的是北京全式金的的第一条链反转录试剂盒,能否扩增3kb的片段与反转录酶有着什么样的关系?
7楼2013-03-06 21:03:26
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

长片段PC不同于一般PCR的特殊要求:
1.用Taq-LA DNA聚合酶,该酶是Taq酶或Klentaq 1(无纠错功能)与pfu酶或Deep Vent酶(有纠错功能)的混合物,以Taq酶为主。
2.当需要扩增的片段大于20kd时,需要加入高浓度的甜茶碱(终浓度为1.5-2.0mol/L),提高PCR的效率,但是甜茶碱加入后,要将扩增反应的温度降低2-3度。楼主的扩增片段还到不了2020kd,甜茶碱可以少加点。
3.适当升高镁离子浓度,不要太高了镁离子浓度高于底物dNTP浓度即可。
4.变性时间要短,尤其是一般不超过30 s,尤其是模板长度超过8KD时更是如此,变性时间长会破坏模板。
5.延伸温度可以下降为68摄氏度,同时加长延伸反应时间,长度为3-5kd的模板延伸反应时间为5-10分钟,长度为20-35kd的模板延伸反应时间为20分钟。
6.模板浓度最好在1ng/L以内。
7.应用长片段PCR缓冲溶液。10X长片段PCR缓冲溶液组成为:500 mmol/L Tris-Cl(pH=9.0),160 mmol/L硫酸铵,25 mmol/L MgCl2,1.5mmol/L BSA。
8.设计较长的PCR引物(25-30 bp)
8楼2014-07-08 01:54:51
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

更正:上贴的标题应为;“长片段PCR不同于一般PCR的特殊要求”。
9楼2014-07-08 02:03:26
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Neo2000

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引物设计的怎么样?这个不OK,用再好的酶都不行的,RNA怎么样,反转录一般问题不大,你要的基因表达量如果很低,cDNA就不稀释了直接扩。

[ 发自小木虫客户端 ]
10楼2014-07-08 12:38:20
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