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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请教一个关于RACE的问题
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realfio

金虫 (小有名气)

[求助] 请教一个关于RACE的问题

最近要做RACE，这几天看说明书的时候，忽然冒出一个想法：
有了total RNA模板，已知cDNA的一小段序列，那么——

设计引物，做反转录，不就直接得到此引物序列到cDNA3'的序列了？
mRNA 5' -------------------- 3'
cDNA 3' ----------XXXXX      5'

再设计引物，和Oligo(dT)一起做PCR，不就直接得到此引物序列到cDNA5'的序列了？
mRNA 5' --------------------AAAAA 3'
cDNA 3'           XXXXX-----TTTTT 5'

（XXXXX为已知序列，以此序列设计引物）

还做RACE干嘛呀？？

[ Last edited by realfio on 2013-2-28 at 17:07 ]
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1楼 2013-02-28 17:06:38
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mascotte

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这么做RACE是可以的，最初做RACE的时候也是这么做的，当年我做RACE所使用的也是这种“序列特异的引物”，此外还用使用random primer和oligo dT引物的办法。需要注意的是不同的引物得到的5‘ UTR的序列会有区别，不同试剂盒采用不同原理得到的5’UTR的长短也会有不同。
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2楼2013-02-28 19:23:05
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dzxy7678

铁虫 (小有名气)
楼主，你试了吗？你这种方法能做出来吗
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3楼2013-03-13 09:14:25
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竹子小小

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

好吧，你的想法对了一半，但是，你需要PCR扩增后才能测序吧，不加个接头，PCR的另一条引物你要去哪里弄？
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4楼2013-03-13 10:13:49
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jk_xdx

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

设计引物，做反转录，不就直接得到此引物序列到cDNA3'的序列了？
mRNA 5' -------------------- 3'
cDNA 3' ----------XXXXX      5'
问题：你怎么得到序列呢？不用PCR直接就能送测序么？

再设计引物，和Oligo(dT)一起做PCR，不就直接得到此引物序列到cDNA5'的序列了？
mRNA 5' --------------------AAAAA 3'
cDNA 3'           XXXXX-----TTTTT 5'
问题：你试过用oligo dT 做PCR么？
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5楼2013-03-21 18:08:54
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