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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gmx里能求一坨原子与另一坨原子间的作用能么
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little_lion

木虫 (小有名气)

[求助] gmx里能求一坨原子与另一坨原子间的作用能么

有木有这样的命令
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1楼 2013-02-21 11:17:25
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little_lion

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-02-22 08:36:49
你可以把“一坨原子”定义为一个group，“另一坨原子”定义为另一个group，然后g_energy 求这两个group之间的作用。

PS “坨”字形容的物质，总不令人悦目

谢谢回复。
可是g_energy并不接受-n index.ndx这个参数，也就不能算两个group间的作用吧？
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3楼2013-02-26 17:11:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 哈哈~是呀，一坨原子这个比较帅气 2013-02-23 19:47:53
你可以把“一坨原子”定义为一个group，“另一坨原子”定义为另一个group，然后g_energy 求这两个group之间的作用。

PS “坨”字形容的物质，总不令人悦目
赞一下 回复此楼
2楼2013-02-22 08:36:49
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saabx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
little_lion: 金币+15, ★★★★★最佳答案 2013-03-26 08:18:03
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-03-26 09:35:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by little_lion at 2013-02-26 17:11:41
谢谢回复。
可是g_energy并不接受-n index.ndx这个参数，也就不能算两个group间的作用吧？...

可以在mdp文件里设置energy的groups
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4楼2013-03-25 23:35:38
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