24小时热门版块排行榜    

查看: 777  |  回复: 2
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

leon198418029

金虫 (小有名气)

research associate

[求助] 怎样确定rDNA各区起点和终点

如题,本人现在做ITS区,但不知如何确定其起点和终点,经常看到NCBI上的序列能把18S, ITS, 5.8S, 28S的起点和终点写出来,求教这是如何做到的。谢谢!
回复此楼
不忘初心,为梦远行。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leon198418029

金虫 (小有名气)

research associate

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 南海所老龚 at 2013-02-21 20:10:06
你好,在线粒体DNA中,12S和16S的位置是:Phe-12S-Val-16S-Leu,Phe、Val和Leu可以通过tRNA-Scan确定,Phe和Val、Val和Leu中间即分别为12S和16S。我猜想在ITS中,是不是同样的道理?请多多指教。

感谢你的帮助。因为ITS区两端是18S和5.8S,为rRNA,其rDNA不能形成多肽,因此无法用氨基酸方法定位其起点和终点。经过讨论,我认为可行的方法有二:一,直接通过NCBI上所提交ITS序列标注的起点和终点来确定,要多参考几条序列;二,提取rRNA,将18S,5.8S和28S的起点终点分别确定下来,再追溯到rDNA,可准确确定ITS位置。
不忘初心,为梦远行。
3楼2013-02-22 08:50:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

南海所老龚

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你好,在线粒体DNA中,12S和16S的位置是:Phe-12S-Val-16S-Leu,Phe、Val和Leu可以通过tRNA-Scan确定,Phe和Val、Val和Leu中间即分别为12S和16S。我猜想在ITS中,是不是同样的道理?请多多指教。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

TheBestandMostBeautifulThingsintheWorldCan'tBeSeenorTouched,TheyMustBeFeltwithHeart.
2楼2013-02-21 20:10:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +10 yufeiwaner 2026-08-09 10/500 2026-08-10 13:44 by cdutwml
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +3 布布和一二 2026-08-10 3/150 2026-08-10 13:00 by smlz521
[基金申请] 国自然结果 +3 Vierhys 2026-08-10 5/250 2026-08-10 12:53 by lliang1209
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +10 archvillain 2026-08-04 12/600 2026-08-10 12:45 by yudaoqian88
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] FileCode能看出啥? +3 要乐观耀哥 2026-08-10 6/300 2026-08-10 12:33 by 要乐观耀哥
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +12 Lanmanbaby 2026-08-09 20/1000 2026-08-10 11:51 by 要乐观耀哥
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 5/250 2026-08-08 21:54 by 13586093586
[基金申请] 好奇怪的filecode +3 布布和一二 2026-08-08 4/200 2026-08-08 17:46 by zhanghaozhu
[基金申请] 基金中了 +14 laoda193707 2026-08-06 14/700 2026-08-08 00:23 by 实验小白ha
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 娱乐 +6 Tide man 2026-08-03 6/300 2026-08-07 22:40 by 铁帽子农民
[基金申请] 听说今天filecode变了 +24 布布和一二 2026-08-06 47/2350 2026-08-07 16:02 by zhiyanjiang
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
信息提示
请填处理意见