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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 怎样确定rDNA各区起点和终点
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leon198418029

金虫 (小有名气)

research associate

[求助] 怎样确定rDNA各区起点和终点

如题，本人现在做ITS区，但不知如何确定其起点和终点，经常看到NCBI上的序列能把18S, ITS, 5.8S, 28S的起点和终点写出来，求教这是如何做到的。谢谢！
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不忘初心，为梦远行。
1楼 2013-02-20 10:56:44
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南海所老龚

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你好，在线粒体DNA中，12S和16S的位置是：Phe-12S-Val-16S-Leu,Phe、Val和Leu可以通过tRNA-Scan确定，Phe和Val、Val和Leu中间即分别为12S和16S。我猜想在ITS中，是不是同样的道理？请多多指教。
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leon198418029
TheBestandMostBeautifulThingsintheWorldCan'tBeSeenorTouched,TheyMustBeFeltwithHeart.
2楼2013-02-21 20:10:06
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leon198418029

金虫 (小有名气)

research associate
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 南海所老龚 at 2013-02-21 20:10:06
你好，在线粒体DNA中，12S和16S的位置是：Phe-12S-Val-16S-Leu,Phe、Val和Leu可以通过tRNA-Scan确定，Phe和Val、Val和Leu中间即分别为12S和16S。我猜想在ITS中，是不是同样的道理？请多多指教。

感谢你的帮助。因为ITS区两端是18S和5.8S，为rRNA，其rDNA不能形成多肽，因此无法用氨基酸方法定位其起点和终点。经过讨论，我认为可行的方法有二：一，直接通过NCBI上所提交ITS序列标注的起点和终点来确定，要多参考几条序列；二，提取rRNA，将18S，5.8S和28S的起点终点分别确定下来，再追溯到rDNA，可准确确定ITS位置。
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不忘初心，为梦远行。
3楼2013-02-22 08:50:25
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