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ylzhao木虫 (小有名气)
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MS中如何设置将分子放在模拟盒子的中心处
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使用MS中，希望把一个分子放在模拟盒子的中心处，可是不知道如何设置？ MS直接随机将分子放在一个位置上，这样有些分子上的原子就会显示在盒子外面。尽管我知道这样的构型在周期性的计算中不受影响，但是总觉得MS应该有将分子归到中心处的功能吧。 分子歪歪斜斜地在盒子里，看着不爽。我都是用Gaussview把它调整到盒子中心处，但这样就比较麻烦。所以今天就想问问大家，要是谁知道交流一下可太省事了。先谢谢了。 |
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 分子模拟 | xuexijisuan |
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【答案】应助回帖
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-02-23 19:47:05
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zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-02-23 19:47:05
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两种方法： 1. 不精确的方法，选中这个分子，按住Alt键和鼠标中间的滚轮，就可以移动这个分子至你想要放的位置，该办法只能大致地将分子放在盒子中间。 2. 盒子的原点坐标你可以看到，然后你就可以算出盒子中心的坐标，你通过Centroid这个功能找出该分子的质心，可以看到质心的坐标，和盒子中心坐标相减，就可以得到平移量。同样地，选中这个分子，然后通过工具栏上的移动按钮，精确地移动相应的数值，就可以将分子完全置于盒子中间。 |
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张禹萌2楼2013-02-20 10:23:21
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