| 查看: 8491 | 回复: 15 | |||||
ylzhao木虫 (小有名气)
|
[求助]
MS中如何设置将分子放在模拟盒子的中心处
|
||||
|
使用MS中，希望把一个分子放在模拟盒子的中心处，可是不知道如何设置？ MS直接随机将分子放在一个位置上，这样有些分子上的原子就会显示在盒子外面。尽管我知道这样的构型在周期性的计算中不受影响，但是总觉得MS应该有将分子归到中心处的功能吧。 分子歪歪斜斜地在盒子里，看着不爽。我都是用Gaussview把它调整到盒子中心处，但这样就比较麻烦。所以今天就想问问大家，要是谁知道交流一下可太省事了。先谢谢了。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 分子模拟 | xuexijisuan |
» 猜你喜欢
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有9人回复
-
找导师
已经有8人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
面上没中，邀请各位路过的虫友分析一下分数
已经有3人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有8人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有11人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS软件有机分子三维尺寸计算
已经有13人回复
- MS程序的forcite模块中不同约束差别太大是怎么回事？
已经有22人回复
- namd 蛋白质溢出水盒子，并且跑的盒子的另一边
已经有10人回复
- 使用Towhee做NVT模拟时，气液两盒子的hmatrix 大小该怎么设置？ 有什么原则或公式么？
已经有7人回复
- MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？
已经有9人回复
- MS5.0 Licence
已经有7人回复
- discover模拟，分子跑到盒子外面怎么办
已经有5人回复
- MS在模拟高分子构象不对！
已经有19人回复
- 在MS中如何将金晶体切割成近似球形体
已经有8人回复
- MS模拟中能不能进行一些简单的化学变化？
已经有7人回复
- MS模拟体系中水分子数目应该怎样设置？
已经有9人回复
- 求助用MS模拟气体在分子筛中扩散系数时碰到的问题
已经有20人回复
- 老板刚让用MS做卟啉的分子模拟，请问大家配备太性能优越的笔记本可否够用？
已经有9人回复
- MS金属氧化物表面吸附有机物平衡问题
已经有4人回复
- 请教跑溶剂盒子(无大分子)哪个软件比较合适？
已经有3人回复
- 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
已经有6人回复
- 【求助】溶剂盒子的密度？
已经有5人回复
- 【讨论】关于汽液两相分子动力学模拟中粒子在汽液两相盒子交换的编程问题
已经有3人回复
ter20
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 28 (小学生)
- 金币: 6026.5
- 散金: 99
- 红花: 6
- 帖子: 426
- 在线: 119.8小时
- 虫号: 541263
- 注册: 2008-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ylzhao: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-02-20 14:02:28
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-02-23 19:47:05
感谢参与，应助指数 +1
ylzhao: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-02-20 14:02:28
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-02-23 19:47:05
|
两种方法： 1. 不精确的方法，选中这个分子，按住Alt键和鼠标中间的滚轮，就可以移动这个分子至你想要放的位置，该办法只能大致地将分子放在盒子中间。 2. 盒子的原点坐标你可以看到，然后你就可以算出盒子中心的坐标，你通过Centroid这个功能找出该分子的质心，可以看到质心的坐标，和盒子中心坐标相减，就可以得到平移量。同样地，选中这个分子，然后通过工具栏上的移动按钮，精确地移动相应的数值，就可以将分子完全置于盒子中间。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
张禹萌2楼2013-02-20 10:23:21
ylzhao
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 8901.5
- 散金: 26
- 帖子: 284
- 在线: 396.3小时
- 虫号: 502247
- 注册: 2008-02-14
- 专业: 理论和计算化学
3楼2013-02-20 14:00:12
ter20
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 28 (小学生)
- 金币: 6026.5
- 散金: 99
- 红花: 6
- 帖子: 426
- 在线: 119.8小时
- 虫号: 541263
- 注册: 2008-04-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2013-02-20 15:19:26
mingtao
金虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 1252.5
- 散金: 790
- 红花: 2
- 帖子: 146
- 在线: 147.1小时
- 虫号: 564755
- 注册: 2008-05-28
- 专业: 理论和计算化学
5楼2013-02-22 04:11:36
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
6楼2013-03-03 21:30:51
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2013-03-03 21:33:58
ylzhao
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 8901.5
- 散金: 26
- 帖子: 284
- 在线: 396.3小时
- 虫号: 502247
- 注册: 2008-02-14
- 专业: 理论和计算化学
8楼2013-03-04 09:15:00
ylzhao
木虫 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 8901.5
- 散金: 26
- 帖子: 284
- 在线: 396.3小时
- 虫号: 502247
- 注册: 2008-02-14
- 专业: 理论和计算化学
9楼2013-03-04 09:19:10
cg陈
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 76 (初中生)
- 金币: 6627.2
- 散金: 46
- 红花: 2
- 帖子: 1253
- 在线: 445.4小时
- 虫号: 874350
- 注册: 2009-10-16
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
10楼2013-03-04 13:33:59
20