24小时热门版块排行榜    

查看: 1009  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

康葱头

新虫 (正式写手)

[求助] 克隆片段不是目的片段

根据已有的全基因组序列,想克隆一个片段,设计引物,目的片段大小为2500bp,结果P出来的只有1500-2000bp。我就想先克隆测序看下,到底是怎么回事,会不会是片段太大,断了。结果测出来的结果为1700bp左右大小,而且和原片段相似性只有35%左右,但是在克隆测序的片段里又能找到我所设计的引物,这是怎么回事?请各位大侠指教!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引物特异性决定扩增产物
说明引物设计的错误引发太高,特异性不好
重新设计引物就可以了
3楼2013-02-01 23:11:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

康葱头

新虫 (正式写手)

将测序得到的序列结果去NCBI里BLAST,只有35BP的片段与一些序列有97%的同源性,其它序列都搜不到相似性高的同源性序列,这是为什么?
2楼2013-02-01 23:05:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
康葱头: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-02-02 17:41:29
I agree with the above. On one hand, your primer may be not specific. On the other hand, you may change your pcr condiction, the fragment you now got might caused by non-specific amplifying.
immunologyparasite
4楼2013-02-02 10:42:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rola

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
康葱头: 金币+1 2013-02-02 17:41:18
片段断裂的可能性较低,多数是引物特异性不高,在模板的其他地方发生了错误结合。建议加长引物的碱基数以提高特异性。
测序1700bp的长度应该是两段测序拼接的结果,要去掉测序两头的不可信数据再进行比对,不过测序结果和PCR一样并不是百分百可靠。
rola
5楼2013-02-02 10:51:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见