应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 克隆片段不是目的片段
81/1返回列表
查看: 1008  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

康葱头

新虫 (正式写手)

[求助] 克隆片段不是目的片段

根据已有的全基因组序列，想克隆一个片段，设计引物，目的片段大小为2500bp，结果Ｐ出来的只有１５００－２０００ｂｐ。我就想先克隆测序看下，到底是怎么回事，会不会是片段太大，断了。结果测出来的结果为１７００ｂｐ左右大小，而且和原片段相似性只有３５%左右，但是在克隆测序的片段里又能找到我所设计的引物，这是怎么回事？请各位大侠指教！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-02-01 22:39:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

康葱头

新虫 (正式写手)
将测序得到的序列结果去ＮＣＢＩ里ＢＬＡＳＴ，只有３５ＢＰ的片段与一些序列有９７%的同源性，其它序列都搜不到相似性高的同源性序列，这是为什么？
赞一下 回复此楼
2楼2013-02-01 23:05:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引物特异性决定扩增产物
说明引物设计的错误引发太高，特异性不好
重新设计引物就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-02-01 23:11:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robustli

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
康葱头: 金币+1, ★★★很有帮助 2013-02-02 17:41:29
I agree with the above. On one hand, your primer may be not specific. On the other hand, you may change your pcr condiction, the fragment you now got might caused by non-specific amplifying.
赞一下 回复此楼
immunologyparasite
4楼2013-02-02 10:42:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rola

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
康葱头: 金币+1 2013-02-02 17:41:18
片段断裂的可能性较低，多数是引物特异性不高，在模板的其他地方发生了错误结合。建议加长引物的碱基数以提高特异性。
测序1700bp的长度应该是两段测序拼接的结果，要去掉测序两头的不可信数据再进行比对，不过测序结果和PCR一样并不是百分百可靠。
赞一下 回复此楼
rola
5楼2013-02-02 10:51:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
康葱头: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-02-02 17:41:03
克隆基因属于多基因家族吗？既然有基因组全序列，引物设计后是否做了blast？
赞一下 回复此楼
6楼2013-02-02 12:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

康葱头

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-02-02 12:06:34
克隆基因属于多基因家族吗？既然有基因组全序列，引物设计后是否做了blast？

没有，是一个基因的上游序列（启动子序列）；因为我不是做生物信息学的，我只会用小片段的比对，全基因组的blast没做
赞一下 回复此楼
7楼2013-02-02 17:40:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 康葱头 at 2013-02-02 17:40:19
没有，是一个基因的上游序列（启动子序列）；因为我不是做生物信息学的，我只会用小片段的比对，全基因组的blast没做...

引物设计好后最好做blast，保证引物特异性。你的情况可能是引物特异性不好，启动子序列往往需要被一些共同因子所识别，所以克隆时更需要注意引物的特异性。
赞一下 回复此楼
8楼2013-02-03 09:17:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 康葱头 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[基金申请] 面上意见出来了 +10 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 19/950 2026-08-31 08:01 by blueearth171
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？ 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭