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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 系统发育树构建求教
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天海蓝

新虫 (初入文坛)

[求助] 系统发育树构建求教

我现在活得了10株菌株16S、rpoB、gyrB三对引物的序列，针对每一对引物都可以完成发育树的构建，但是现在想把每一个菌株的三对引物发育距离求平均然后再建树该怎么操作呢，求教了，灰常感谢
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1楼 2013-01-30 20:09:17
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

三组数据直接收尾相连可以作为一组新的数据用来构树。
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5楼2013-02-20 17:01:37
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
把3个序列连接起来就可以了，不过不推荐这样做，容易违反假设：进化树中只有一个进化历史
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2楼2013-01-31 07:44:28
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天海蓝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-01-31 07:44:28
把3个序列连接起来就可以了，不过不推荐这样做，容易违反假设：进化树中只有一个进化历史

弱弱的问一下，这三个序列的长度不一样，可以进行拼接吗？
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3楼2013-01-31 10:30:35
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 天海蓝 at 2013-01-31 10:30:35
弱弱的问一下，这三个序列的长度不一样，可以进行拼接吗？...

assume that you have three sequence alignment, the length are 300, 200, 500 bps.Then the final alignment will be 300+200+500 = 1000 bp long.
Among which position 1-300 is from alignment A, position 301-500 is from alignment B and position 501-1000 is from alignment C.
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4楼2013-01-31 17:45:06
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