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公子_小白

新虫 (初入文坛)

[求助] pcr产物条带很弱,怎么能改善下

我做的是不同地理种群岩虫的COI基因多样性。引物已经设计好了,现在出现一个问题,就是我在跑兴城群体的时候条带很清晰,而且拿去测序的结果也回来了,也很好,但是我用相同的体系跑广西的群体时,就出现条带非常弱的现象,我试着加大了模板量(从1微加到2微),但是结果还是一样,我不清楚这是为什么,求高手帮忙,不胜感激~~~~~~
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anfanlinli

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你跑兴城群体的时候pcr产物假如很好,而另一个不行,可以看看是不是引物结合区有SNP位点,可以用 blast比对一下看看,假如是有SNP可以加一条简并引物。
不想那么麻烦就增加循环数用磁珠法富集PCR产物。当然你先保证你另一个群体的样本DNA浓度是够的,别是因为DNA没有提好白忙活一场。
7楼2013-01-09 14:00:37
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zhang881007

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
建议你增加几个循环看看
shine
2楼2013-01-08 16:45:57
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的体系都重新优化一下吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
3楼2013-01-08 18:05:03
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lxbxk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果模板浓度很低的话,1微和2微本身就没啥区别,可以将其浓缩一下,再做,也可以试试增加酶和循环数
做开心的自己,加油
4楼2013-01-08 18:15:26
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