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kite175

银虫 (初入文坛)

[交流] in 文件,裂纹拉不开.求助深入解读。 已有1人参与

# 3d Morse crack simulation
units          metal
boundary        p p p
atom_style        atomic
neighbor        0.3 bin
neigh_modify        every 5 delay 0 check yes

# create geometry
lattice                fcc 4.05  orient x 1 0 0  orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
region                box block 0 60 0 40 -0.25 0.25
create_box        5 box
create_atoms        1 box

mass                1 26.9
mass                2 26.9
mass                3 26.9
mass                4 26.9
mass            5 26.9

# Morse potentials
pair_style        morse 2.5
pair_coeff        * * 1.0 1.0 2.5

# define groups
region                1 block INF INF INF 2 INF INF
group                lower region 1

region                2 block INF INF 38 INF INF INF
group                upper region 2

group                boundary union lower upper
group                mobile subtract all boundary

region                leftupper block INF 20 20 INF INF INF
region                leftlower block INF 20 INF 20 INF INF

region          bonds   block  INF 20  19.75 20.25 -0.25 0.25
delete_atoms    region  bonds

group                leftupper region leftupper
group                leftlower region leftlower

set                group leftupper type 3
set                group leftlower type 4
set                group lower type 1
set                group upper type 2
neigh_modify        exclude type 3 4
neigh_modify        exclude type 1 2

# minimize
min_style sd
minimize       1.0e-12 1.0e-12  10000 10000

# initial velocities relax
compute                  new mobile temp
velocity        mobile create 750.0 887723 temp new
timestep        0.001
thermo                500
run 10000
velocity        upper  set 0.0 0.04 0.0 sum yes
velocity        lower  set 0.0 0.0 0.0  sum yes
velocity        mobile ramp vy 0.0 0.04 y 2 38 sum yes
# fixes
fix            1 lower setforce  0.0 0.0 0.0
fix            2 upper setforce  0.0 0.0 0.0
fix  3  all nvt 750.0 750.0 0.01
fix  4  all temp/rescale 100 750.0 750.0 3 0.01
fix  5  mobile deform 1000 y erate 0.003 units box  
fix  6  mobile setforce 0.0 NULL 0.0

compute  1 all stress/atom
compute  2 all temp
compute  3 all  reduce sum c_1[2]
compute  4 all  pe
compute  5 all  ke

variable 2 equal c_3
variable 3 equal c_2
variable 4 equal c_4
variable 5 equal c_5
fix 7 all ave/time 1 100 1000 v_2 v_3 v_4 v_5 file a_stress.txt

thermo_style custom step temp pe etotal press vol
thermo                200
thermo_modify        temp new
dump                1 all atom 1000 dump.crack.lammpstrj
min_style sd
minimize       1.0e-12 1.0e-12  10000 10000
run   200000
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kite175

银虫 (初入文坛)

自己运行的图片

运行期间原子运动图.png

2楼2013-01-03 17:06:56
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-05 19:54:03
你的模型x。z方向都是周期性的,当然拉不开。 把一个方向两边加真空,或者拿掉周期性。
3楼2013-01-03 19:46:13
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kite175

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-01-03 19:46:13
你的模型x。z方向都是周期性的,当然拉不开。 把一个方向两边加真空,或者拿掉周期性。

非常感谢你i的解读。拿掉那个周期性边界条件,结果还是那样的。加个真空的怎么弄呀?是不是我的定义的温度过高了,还是说我这个没有键,不好弄
4楼2013-01-04 09:34:08
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2013-01-05 19:54:15
引用回帖:
4楼: Originally posted by kite175 at 2013-01-04 09:34:08
非常感谢你i的解读。拿掉那个周期性边界条件,结果还是那样的。加个真空的怎么弄呀?是不是我的定义的温度过高了,还是说我这个没有键,不好弄...

你的设置有些问题,比如fix 3和fix 7 同时用,等于对原子做了2次位移。 你的log文件应该有这样的警告。 另外, 你有很多原子跑到上下两边的外面了,是怎么回事。 nvt的使用也未必合适, 或许nve更好。 高温也是个因素。
加真空就是把盒子加宽。。
你的模型不算复杂, 但仍需要多试验来得到你要的结果。。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2013-01-04 10:02:32
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kite175

银虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by ddll_slsl at 2013-01-04 10:02:32
你的设置有些问题,比如fix 3和fix 7 同时用,等于对原子做了2次位移。 你的log文件应该有这样的警告。 另外, 你有很多原子跑到上下两边的外面了,是怎么回事。 nvt的使用也未必合适, 或许nve更好。 高温也是个因 ...

原子跑到外面去,这个我也不知道。log文件没有什么警告呀。我试试吧。谢谢你了
6楼2013-01-04 14:49:09
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