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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 基因表达数据处理问题
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lanwei163163

银虫 (著名写手)

[求助] 基因表达数据处理问题

从ncbi下载了mRNA表达数据，如何找到数据里面对应蛋白质？
#ID_REF =
#VALUE = 'signal' a measure of the abundance of a transcript
ID_REF        VALUE
AFFX-BioB-5_at        579.5
AFFX-BioB-M_at        411.8
AFFX-BioB-3_at        351
求各位高手指点
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1楼 2012-12-29 16:41:43
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
从你提供的数据，看不出来有任何蛋白信息。能不能提供一个entry的信息
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2楼2012-12-30 01:00:40
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你找错内容了。 找mRNA的序列注释信息。

那个value 和ID什么，都和蛋白没关系。
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3楼2012-12-30 14:52:04
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haiven

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
wizardfan: 回帖置顶 2013-01-01 08:38:44
AFFX-BioB-5_at 这类是affimatrix公司的商业芯片的探针。每个芯片系统都会有详细的注释文件，或者在该表达谱数据文本中就有详细的对于该探针的注释信息，你要找该探针所对应的基因ID及相关的基因注释，然后再在数据库中检索其对应的基因序列与蛋白序列。
你所查到的这个数据是拟南芥的芯片，应该是很好查的。如果还有问题，欢迎交流。
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走进你，温暖我，迷失于这个世界！
4楼2012-12-31 09:23:26
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lanwei163163

银虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2012-12-30 01:00:40
从你提供的数据，看不出来有任何蛋白信息。能不能提供一个entry的信息

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM18953
我是从上面的网址下载到，有文献说可以利用这个找到对应的蛋白质，但是我不懂该怎么找
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5楼2012-12-31 09:36:41
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lanwei163163

银虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by haiven at 2012-12-31 09:23:26
AFFX-BioB-5_at 这类是affimatrix公司的商业芯片的探针。每个芯片系统都会有详细的注释文件，或者在该表达谱数据文本中就有详细的对于该探针的注释信息，你要找该探针所对应的基因ID及相关的基因注释，然后再在数据 ...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM18953我的下载地址是这个，但是不懂哪个是注释信息。。。新手，麻烦都指导，非常感谢
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6楼2012-12-31 09:39:30
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lanwei163163

银虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yixuanwin at 2012-12-30 14:52:04
你找错内容了。 找mRNA的序列注释信息。

那个value 和ID什么，都和蛋白没关系。

但是有文献说可以利用这个基因表达数据和PPI网络结合，我不知道该如何找对应的蛋白质
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7楼2012-12-31 09:40:40
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

4楼说的很对，比如http://www.trii.org/courses/intromicroan/I2M-120904.pdf的第18页就显示了，软件里面自带了相关探针的信息。NCBI GEO没有提供。
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8楼2013-01-01 08:41:47
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zhangjunpeng

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

可以采用ID转换，介绍一个ID转换的平台给你，http://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php
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北冥有鱼，其名为鲲。鲲之大，不知其几千里也。化而为鸟，其名为鹏。鹏之背，不知其几千里也。怒而飞，其翼若垂天之云。是鸟也，海运则将徙于南冥。南冥者，...
9楼2013-01-28 11:51:14
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