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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于引物设计的一些问题
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xy656691

金虫 (正式写手)

[求助] 关于引物设计的一些问题

在酶切位点加保护碱基时，是只在酶切位点的5'端加保护碱基还是酶切位点的两端都加呢？
假如我要设计A基因的引物，那么我设计引物时，是以A的全基因组作为模板还是CDNA，亦或是CDS序列，这三种序列有什么区别？什么条件下用何种序列呢？
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1楼 2012-12-22 10:00:06
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xy656691 at 2012-12-22 12:58:03
嗯，谢谢。酶切位点是一段碱基序列，在引物的5'端，那所加的保护碱基是在酶切位点序列的5'端还是3'端？...

保护碱基加在酶切位点的5'端。就是5'-XXXX-酶切位点-正常引物序列-3’
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4楼2012-12-23 00:23:58
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
保护碱基是在引物的5'加的，根据PCR的原理，引物5'端和模板不需要很好的互补，所以可以引入酶切位点和保护碱基。引物的3'端最好和模板完全互补才能和模板很好的anealing。
引物设计以什么序列为模板要看你做PCR的目的是希望扩增什么，具体情况具体分析。
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2楼2012-12-22 11:58:13
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xy656691

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2012-12-22 11:58:13
保护碱基是在引物的5'加的，根据PCR的原理，引物5'端和模板不需要很好的互补，所以可以引入酶切位点和保护碱基。引物的3'端最好和模板完全互补才能和模板很好的anealing。
引物设计以什么序列为模板要看你做PCR的目 ...

嗯，谢谢。酶切位点是一段碱基序列，在引物的5'端，那所加的保护碱基是在酶切位点序列的5'端还是3'端？
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3楼2012-12-22 12:58:03
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