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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于3' RACE 测序结果分析。
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fengyunqb

新虫 (小有名气)

[求助] 关于3' RACE 测序结果分析。

我做的3'RACE 2nd PCR只出现一个片段，并且特别亮，（其实这个片段比比预期的小点）于是乎将他那去测序，得到结果。但我不能确定是否走到头了，我在NCBI里面BLAST发现3'端比同源的基因短。我在测序结果3'端发现有AATAAA这个所谓的POLYA。求指点，如何确定这个3'端是否完整，有经验的老师指点一下。
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1楼 2012-12-22 09:51:12
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jk_xdx

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
fengyunqb: 金币+4, ★★★很有帮助 2012-12-25 17:01:22
fengyunqb: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2013-03-12 08:41:38
看测序波形图,如果poly A 部分是单峰,应该是到头了,如果是套峰,很可能没到头,在靠近3'端的位置再设计引物继续做.(我说的"polyA "不是指"AATAAATA",而是你后面那个"AAAAAAA"
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3楼2012-12-25 15:50:03
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
AATAAATATTTATTGTTTGAGCACAAAAAAA
这是测序结尾。
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2楼2012-12-22 10:37:59
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jk_xdx at 2012-12-25 15:50:03
看测序波形图,如果poly A 部分是单峰,应该是到头了,如果是套峰,很可能没到头,在靠近3'端的位置再设计引物继续做.(我说的"polyA "不是指"AATAAATA",而是你后面那个"AAAAAAA"

被你说中了，是套峰，其实我也知道这次测序有问题，我是直接PCR产物测序的，就是懒，不想做了。我在想不影响后面的表达的话就这样算了。想做5'RACE了。
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4楼2012-12-25 17:01:11
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王萌萌1992

新虫 (初入文坛)
请问你后来做出来了吗？怎么做出来的？我现在是跟你一样的情况
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5楼2015-06-23 17:53:15
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