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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » VASP5.2编译成功后运行出错
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)

[求助] VASP5.2编译成功后运行出错

在fedora17上编译VASP5.2单机版，装的编译器是ifort，下载版本是l_fcompxe_intel64_2013.1.117.tgz.

编译成功后找了文件运行后出错，错误内容是：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_avx.so      00002B4D4F5E20BB  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E0EFE  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E17D4  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4D6E141E  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_core.so     00002B4D4DB47183  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004A9F8C  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000062FA7E  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000408DA6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000040467C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00002B4D4E9F5735  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000404559  Unknown               Unknown  Unknown

采用了网上的一些方案如在FFLAGS后加入-heap-arrarys 64不可行。试着更换ifort版本如ifort11.1，但在fedora17中并不支持。请求解决方案。非常感谢。

使用的VASP Makefile如下：
.SUFFIXES: .inc .f .f90 .F
#-----------------------------------------------------------------------
# Makefile for Intel Fortran compiler for Pentium/Athlon/Opteron
# bases systems
# we recommend this makefile for both Intel as well as AMD systems
# for AMD based systems appropriate BLAS and fftw libraries are
# however mandatory (whereas they are optional for Intel platforms)
#
# The makefile was tested only under Linux on Intel and AMD platforms
# the following compiler versions have been tested:
#  - ifc.7.1  works stable somewhat slow but reliably
#  - ifc.8.1  fails to compile the code properly
#  - ifc.9.1  recommended (both for 32 and 64 bit)
#  - ifc.10.1 partially recommended (both for 32 and 64 bit)
#             tested build 20080312 Package ID: l_fc_p_10.1.015
#             the gamma only mpi version can not be compiles
#             using ifc.10.1
#
# it might be required to change some of library pathes, since
# LINUX installation vary a lot
# Hence check ***ALL*** options in this makefile very carefully
#-----------------------------------------------------------------------
#
# BLAS must be installed on the machine
# there are several options:
# 1) very slow but works:
#   retrieve the lapackage from ftp.netlib.org
#   and compile the blas routines (BLAS/SRC directory)
#   please use g77 or f77 for the compilation. When I tried to
#   use pgf77 or pgf90 for BLAS, VASP hang up when calling
#   ZHEEV  (however this was with lapack 1.1 now I use lapack 2.0)
# 2) more desirable: get an optimized BLAS
#
# the two most reliable packages around are presently:
# 2a) Intels own optimised BLAS (PIII, P4, PD, PC2, Itanium)
#     http://developer.intel.com/software/products/mkl/
#   this is really excellent, if you use Intel CPU's
#
# 2b) probably fastest SSE2 (4 GFlops on P4, 2.53 GHz, 16 GFlops PD,
#     around 30 GFlops on Quad core)
#   Kazushige Goto's BLAS
#   http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html
#   http://www.tacc.utexas.edu/resources/software/
#
#-----------------------------------------------------------------------

# all CPP processed fortran files have the extension .f90
SUFFIX=.f90

#-----------------------------------------------------------------------
# fortran compiler and linker
#-----------------------------------------------------------------------
FC=ifort
# fortran linker
FCL=$(FC)


#-----------------------------------------------------------------------
# whereis CPP ?? (I need CPP, can't use gcc with proper options)
# that's the location of gcc for SUSE 5.3
#
#  CPP_   =  /usr/lib/gcc-lib/i486-linux/2.7.2/cpp -P -C
#
# that's probably the right line for some Red Hat distribution:
#
#  CPP_   =  /usr/lib/gcc-lib/i386-redhat-linux/2.7.2.3/cpp -P -C
#
#  SUSE X.X, maybe some Red Hat distributions:

CPP_ =  ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX)

#-----------------------------------------------------------------------
# possible options for CPP:
# NGXhalf             charge density   reduced in X direction
# wNGXhalf            gamma point only reduced in X direction
# avoidalloc          avoid ALLOCATE if possible
# PGF90               work around some for some PGF90 / IFC bugs
# CACHE_SIZE          1000 for PII,PIII, 5000 for Athlon, 8000-12000 P4, PD
# RPROMU_DGEMV        use DGEMV instead of DGEMM in RPRO (depends on used BLAS)
# RACCMU_DGEMV        use DGEMV instead of DGEMM in RACC (depends on used BLAS)
#-----------------------------------------------------------------------

CPP     = $(CPP_)  -DHOST=\"LinuxIFC\" \
          -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGXhalf \
          -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV

#-----------------------------------------------------------------------
# general fortran flags  (there must a trailing blank on this line)
# byterecl is strictly required for ifc, since otherwise
# the WAVECAR file becomes huge
#-----------------------------------------------------------------------

FFLAGS =  -FR -lowercase -assume byterecl -heap-arrarys 64

#-----------------------------------------------------------------------
# optimization
# we have tested whether higher optimisation improves performance
# -axK  SSE1 optimization,  but also generate code executable on all mach.
#       xK improves performance somewhat on XP, and a is required in order
#       to run the code on older Athlons as well
# -xW   SSE2 optimization
# -axW  SSE2 optimization,  but also generate code executable on all mach.
# -tpp6 P3 optimization
# -tpp7 P4 optimization
#-----------------------------------------------------------------------

# ifc.9.1, ifc.10.1 recommended
OFLAG=-O3

OFLAG_HIGH = $(OFLAG)
OBJ_HIGH =
OBJ_NOOPT =
DEBUG  = -FR -O0
INLINE = $(OFLAG)

#-----------------------------------------------------------------------
# the following lines specify the position of BLAS  and LAPACK
# VASP works fastest with the libgoto library
# so that's what we recommend
#-----------------------------------------------------------------------

# mkl.10.0
# set -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines
#BLAS=-L/opt/intel/mkl100/lib/em64t -lmkl -lpthread

# even faster for VASP Kazushige Goto's BLAS
# http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html
# parallel goto version requires sometimes -libverbs
#BLAS=  /opt/libs/libgoto/libgoto.so
BLAS=

# LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double
#LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o

# use the mkl Intel lapack
#LAPACK= -lmkl_lapack
LAPACK= -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -
lpthread



#-----------------------------------------------------------------------

LIB  = -L../vasp.5.lib -ldmy \
     ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
     $(BLAS)

# options for linking, nothing is required (usually)
LINK    =

#-----------------------------------------------------------------------
# fft libraries:
# VASP.5.2 can use fftw.3.1.X (http://www.fftw.org)
# since this version is faster on P4 machines, we recommend to use it
#-----------------------------------------------------------------------

FFT3D   = fft3dfurth.o fft3dlib.o

# alternatively: fftw.3.1.X is slighly faster and should be used if available
#FFT3D   = fftw3d.o fft3dlib.o   /opt/libs/fftw-3.1.2/lib/libfftw3.a


#=======================================================================
# MPI section, uncomment the following lines until
#    general  rules and compile lines
# presently we recommend OPENMPI, since it seems to offer better
# performance than lam or mpich
#
# !!! Please do not send me any queries on how to install MPI, I will
# certainly not answer them !!!!
#=======================================================================
#-----------------------------------------------------------------------
# fortran linker for mpi
#-----------------------------------------------------------------------

#FC=mpif77
#FCL=$(FC)

#-----------------------------------------------------------------------
# additional options for CPP in parallel version (see also above):
# NGZhalf               charge density   reduced in Z direction
# wNGZhalf              gamma point only reduced in Z direction
# scaLAPACK             use scaLAPACK (usually slower on 100 Mbit Net)
#-----------------------------------------------------------------------

#CPP    = $(CPP_) -DMPI  -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
#     -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc -DNGZhalf \
#     -DMPI_BLOCK=8000
##    -DRPROMU_DGEMV  -DRACCMU_DGEMV

#-----------------------------------------------------------------------
# location of SCALAPACK
# if you do not use SCALAPACK simply leave that section commented out
#-----------------------------------------------------------------------

#BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/
#SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK

#SCA= $(SCA_)/libscalapack.a  \
# $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLA
CS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a

SCA=

#-----------------------------------------------------------------------
# libraries for mpi
#-----------------------------------------------------------------------

#LIB     = -L../vasp.5.lib -ldmy  \
#      ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \
#      $(SCA) $(BLAS)

# FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller
#FFT3D   = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o

# alternatively: fftw.3.1.X is slighly faster and should be used if available
#FFT3D   = fftmpi.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o  /opt/libs/fftw-3.1.2/lib/l
ibfftw3.a

#-----------------------------------------------------------------------
# general rules and compile lines
#-----------------------------------------------------------------------
BASIC=   symmetry.o symlib.o   lattlib.o  random.o   

SOURCE=  base.o     mpi.o      smart_allocate.o      xml.o  \
         constant.o jacobi.o   main_mpi.o  scala.o   \
         asa.o      lattice.o  poscar.o   ini.o       xclib.o     xclib_grad.o \
         radial.o   pseudo.o   mgrid.o    gridq.o     ebs.o  \
         mkpoints.o wave.o     wave_mpi.o  wave_high.o  \
         $(BASIC)   nonl.o     nonlr.o    nonl_high.o dfast.o    choleski2.o \
         mix.o      hamil.o    xcgrad.o   xcspin.o    potex1.o   potex2.o  \
         metagga.o constrmag.o cl_shift.o relativistic.o LDApU.o \
         paw_base.o egrad.o    pawsym.o   pawfock.o  pawlhf.o    paw.o   \
         mkpoints_full.o       charge.o   dipol.o    pot.o  \
         dos.o      elf.o      tet.o      tetweight.o hamil_rot.o \
         steep.o    chain.o    dyna.o     sphpro.o    us.o  core_rel.o \
         aedens.o   wavpre.o   wavpre_noio.o broyden.o \
         dynbr.o    rmm-diis.o reader.o   writer.o   tutor.o xml_writer.o \
         brent.o    stufak.o   fileio.o   opergrid.o stepver.o  \
         chgloc.o   fast_aug.o fock.o     mkpoints_change.o sym_grad.o \
         mymath.o   internals.o dimer_heyden.o dvvtrajectory.o vdwforcefield.o \
         hamil_high.o nmr.o    force.o \
         pead.o     subrot.o   subrot_scf.o pwlhf.o  gw_model.o optreal.o   davi
dson.o \
         electron.o rot.o  electron_all.o shm.o    pardens.o  paircorrection.o \
         optics.o   constr_cell_relax.o   stm.o    finite_diff.o elpol.o    \
         hamil_lr.o rmm-diis_lr.o  subrot_cluster.o subrot_lr.o \
         lr_helper.o hamil_lrf.o   elinear_response.o ilinear_response.o \
         linear_optics.o linear_response.o   \
         setlocalpp.o  wannier.o electron_OEP.o electron_lhf.o twoelectron4o.o \
         ratpol.o screened_2e.o wave_cacher.o chi_base.o wpot.o local_field.o \
         ump2.o bse.o acfdt.o chi.o sydmat.o

INC=

vasp: $(SOURCE) $(FFT3D) $(INC) main.o
        rm -f vasp
        $(FCL) -o vasp main.o  $(SOURCE)   $(FFT3D) $(LIB) $(LINK)
makeparam: $(SOURCE) $(FFT3D) makeparam.o main.F $(INC)
        $(FCL) -o makeparam  $(LINK) makeparam.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)
zgemmtest: zgemmtest.o base.o random.o $(INC)
        $(FCL) -o zgemmtest $(LINK) zgemmtest.o random.o base.o $(LIB)
dgemmtest: dgemmtest.o base.o random.o $(INC)
        $(FCL) -o dgemmtest $(LINK) dgemmtest.o random.o base.o $(LIB)
ffttest: base.o smart_allocate.o mpi.o mgrid.o random.o ffttest.o $(FFT3D) $(INC
)
        $(FCL) -o ffttest $(LINK) ffttest.o mpi.o mgrid.o random.o smart_allocat
e.o base.o $(FFT3D) $(LIB)
kpoints: $(SOURCE) $(FFT3D) makekpoints.o main.F $(INC)
        $(FCL) -o kpoints $(LINK) makekpoints.o $(SOURCE) $(FFT3D) $(LIB)

clean:       
        -rm -f *.g *.f *.o *.L *.mod ; touch *.F

main.o: main$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG)  $(INCS) -c main$(SUFFIX)
xcgrad.o: xcgrad$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcgrad$(SUFFIX)
xcspin.o: xcspin$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS) $(INLINE)  $(INCS) -c xcspin$(SUFFIX)

makeparam.o: makeparam$(SUFFIX)
        $(FC) $(FFLAGS)$(DEBUG)  $(INCS) -c makeparam$(SUFFIX)

makeparam$(SUFFIX): makeparam.F main.F
#
# MIND: I do not have a full dependency list for the include
# and MODULES: here are only the minimal basic dependencies
# if one strucuture is changed then touch_dep must be called
# with the corresponding name of the structure
#
base.o: base.inc base.F
mgrid.o: mgrid.inc mgrid.F
constant.o: constant.inc constant.F
lattice.o: lattice.inc lattice.F
setex.o: setexm.inc setex.F
pseudo.o: pseudo.inc pseudo.F
poscar.o: poscar.inc poscar.F
mkpoints.o: mkpoints.inc mkpoints.F
wave.o: wave.inc wave.F
nonl.o: nonl.inc nonl.F
nonlr.o: nonlr.inc nonlr.F

$(OBJ_HIGH):
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG_HIGH) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
$(OBJ_NOOPT):
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

fft3dlib_f77.o: fft3dlib_f77.F
        $(CPP)
        $(F77) $(FFLAGS_F77) -c $*$(SUFFIX)

.F.o:
        $(CPP)
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)
.F$(SUFFIX):
        $(CPP)
$(SUFFIX).o:
        $(FC) $(FFLAGS) $(OFLAG) $(INCS) -c $*$(SUFFIX)

# special rules
#-----------------------------------------------------------------------
# these special rules are cummulative (that is once failed
#   in one compiler version, stays in the list forever)
# -tpp5|6|7 P, PII-PIII, PIV
# -xW use SIMD (does not pay of on PII, since fft3d uses double prec)
# all other options do no affect the code performance since -O1 is used

fft3dlib.o : fft3dlib.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
fft3dfurth.o : fft3dfurth.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

radial.o : radial.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symlib.o : symlib.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

symmetry.o : symmetry.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave_mpi.o : wave_mpi.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

wave.o : wave.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

dynbr.o : dynbr.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

asa.o : asa.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

broyden.o : broyden.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)

us.o : us.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O1 -c $*$(SUFFIX)

LDApU.o : LDApU.F
        $(CPP)
        $(FC) -FR -lowercase -O2 -c $*$(SUFFIX)
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1楼 2012-12-14 13:46:31
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)
谢谢，上面的帖子仍没有解决我的问题。另外，我在~/.bashrc中加入ulimit -s unlimited也不行。
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2楼2012-12-14 14:08:47
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171713294

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-12-17 16:13:14
你在装vasp'的时候sorcese了吗
赞一下 回复此楼
坚持，不放弃
3楼2012-12-14 18:19:28
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snail594

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-12-17 14:28:08
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-12-17 16:13:20
你的MKL的相关路径加入/etc/ld.so.conf列表了没？添加后运行ldconfig试试。
赞一下 回复此楼
Inlearningwetrust
4楼2012-12-14 19:04:40
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-12-17 14:28:39
fedora怎么不支持11.1了？selinux的问题？
赞一下 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
5楼2012-12-14 21:50:19
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llh2010

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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sdwawa: 金币+4, ★★★很有帮助, 指出了问题所在。 2012-12-17 11:20:29
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流， 2012-12-17 14:28:24
我觉得有可能是数学库的问题
#BLAS=-L/opt/intel/mkl100/lib/em64t -lmkl -lpthread #LAPACK= -lmkl_lapack
LAPACK= -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -
lpthread

用下面这两个
BLAS=-L/mkl安装目录/intel64 -lmkl_intel_lp64  -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o
试试
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知识引导人生，学习成就未来
6楼2012-12-14 22:51:44
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by llh2010 at 2012-12-14 22:51:44
我觉得有可能是数学库的问题
#BLAS=-L/opt/intel/mkl100/lib/em64t -lmkl -lpthread #LAPACK= -lmkl_lapack
LAPACK= -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -
lpthread

用 ...

非常感谢您。我用了您的建议错误少了一些，不过还是有问题。
运行后的错误如下：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
libmkl_avx.so      00002AB47F78C0BB  Unknown               Unknown  Unknown
libmkl_intel_ilp6  00002AB47C7820E2  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000C98684  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000CB36E6  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000004AB81C  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000063130E  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               000000000040A636  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000405F0C  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00002AB47EB9F735  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               0000000000405DE9  Unknown               Unknown  Unknown

我后来换了gotoblas2的数学库，编译和运行都没有问题了。估计情况是mkl的库和fedora17不太兼容吧。
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7楼2012-12-17 11:19:02
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by iamikaruk at 2012-12-14 21:50:19
fedora怎么不支持11.1了？selinux的问题？

我换了个数学库就可以了，还是用的ifort编译器。说明编译器是支持的。selinux已经改过了。谢谢。
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8楼2012-12-17 12:14:26
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 171713294 at 2012-12-14 18:19:28
你在装vasp'的时候sorcese了吗

谢谢。我source了ifort和mkl的内容。
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9楼2012-12-17 12:15:16
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sdwawa

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by snail594 at 2012-12-14 19:04:40
你的MKL的相关路径加入/etc/ld.so.conf列表了没？添加后运行ldconfig试试。

谢谢。我试过了，还是同样的问题。
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10楼2012-12-17 12:15:52
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