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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助 MS中discover模块中建模的问题
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dolphin_star

木虫 (小有名气)

[求助] 求助 MS中discover模块中建模的问题

想用MS软件中的discover模块，模拟两个较大的分子之间的作用能，应该怎么做呢？是不是把两个分子画在一个xsd的文件中？
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1楼 2012-12-13 09:48:07
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-14 08:15:09
dolphin_star: 金币+1, ★有帮助 2012-12-14 09:06:15
引用回帖:
3楼: Originally posted by dolphin_star at 2012-12-13 15:17:01
但是怎么确定分子之间的距离呢？是用那个原子之间的测距吗？我一开始是这么弄的，但是距离改变的是有限的...

分子的距离当然就是各个原子间距的综合。 距离是可以无限改变的。 直接用鼠标拖拽就行了。 你需要熟悉具体操作
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4楼2012-12-13 15:32:31
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普通回帖

ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
dolphin_star: 金币+1, ★有帮助 2012-12-13 15:17:07
是， 可以调整两个分子的距离来计算相互的作用能。
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2楼2012-12-13 13:25:46
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dolphin_star

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-13 13:25:46
是， 可以调整两个分子的距离来计算相互的作用能。

但是怎么确定分子之间的距离呢？是用那个原子之间的测距吗？我一开始是这么弄的，但是距离改变的是有限的
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3楼2012-12-13 15:17:01
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fyz_ok

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-14 08:15:23
dolphin_star: 金币+1, ★有帮助 2012-12-14 09:06:48
因为你的两个较大的分子，建议你用AC模块把他们建到一个盒子中，再研究
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5楼2012-12-13 17:46:37
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沁园春·雪

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-12-14 08:15:30
dolphin_star: 金币+1, ★有帮助 2012-12-14 09:08:04
把两个分子建到一个盒子里，跑动力学，然后再求相互作用能，很简单的
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大雪无痕
6楼2012-12-13 22:21:06
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dolphin_star

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ddll_slsl at 2012-12-13 15:32:31
分子的距离当然就是各个原子间距的综合。 距离是可以无限改变的。 直接用鼠标拖拽就行了。 你需要熟悉具体操作...

是不是需要选中某个分子在拖动？我就是这样做的，但是一旦画在某个位置，我就拖不动它了，这个是怎么回事呢？我是刚刚接触这个，我们这边也没有人懂。。。
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7楼2012-12-14 09:06:04
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dolphin_star

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fyz_ok at 2012-12-13 17:46:37
因为你的两个较大的分子，建议你用AC模块把他们建到一个盒子中，再研究

我看到的文献都是用的discover模块，不知道你说的那个AC模块全称是什么？
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8楼2012-12-14 09:07:36
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dolphin_star

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 沁园春·雪 at 2012-12-13 22:21:06
把两个分子建到一个盒子里，跑动力学，然后再求相互作用能，很简单的

怎么放到一个盒子里呢？
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9楼2012-12-14 09:07:59
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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by dolphin_star at 2012-12-14 09:06:04
是不是需要选中某个分子在拖动？我就是这样做的，但是一旦画在某个位置，我就拖不动它了，这个是怎么回事呢？我是刚刚接触这个，我们这边也没有人懂。。。...

你的操作不对。 需要仔细阅读手册，多多实践。 否则无法开展工作。。。
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10楼2012-12-14 10:12:02
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