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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 嗜热酶分子模拟对比
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luke11

金虫 (小有名气)

[求助] 嗜热酶分子模拟对比

两种不同来源的酶热稳定性差异较大。能不能用分子模拟的方法比较其结构？寻找热稳定性的原因。
或是有没有类似文献？
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1楼 2012-12-10 17:07:43
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
luke11: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2012-12-11 10:09:30
可以的~
思路如下：
1.建立两种酶的三级结构模型-同源模建
2.进行分子动力学模拟-设置在不同温度下，比如300K, 400K. 500K,通过轨迹分析了解可能优先变性的区域，比较稳定的氢键、盐桥作用等，从而从结构上说明热稳定性差异的原因
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2楼2012-12-10 20:43:56
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luke11

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-10 20:43:56
可以的~
思路如下：
1.建立两种酶的三级结构模型-同源模建
2.进行分子动力学模拟-设置在不同温度下，比如300K, 400K. 500K,通过轨迹分析了解可能优先变性的区域，比较稳定的氢键、盐桥作用等，从而从结构上说明热 ...

能不能发篇类似文献？
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3楼2012-12-11 10:10:18
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
以这些词作为关键词 enzyme thermal stability molecular dynamics 在google 学术搜索里搜搜就能找到很多~先看看~呵呵
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4楼2012-12-11 10:55:33
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luke11

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-12-11 10:55:33
以这些词作为关键词 enzyme thermal stability molecular dynamics 在google 学术搜索里搜搜就能找到很多~先看看~呵呵

谢谢
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5楼2012-12-11 12:11:52
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yaozhq

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 其实就算整个蛋白质做量化对于是否能匹配上实验结果都不好说，因为取决于你初始蛋白结构的合理程度 2012-12-11 21:28:14
热稳定性有非常多的理论  表面电荷分布 氨基酸组成等等的 简单的动力学模拟可能能看出一点点苗头 但是不保证能出来效果  前面有师兄研究过这个 最精确的模拟就是把整个蛋白质做量化计算 不过目前不可能做到 于是有很多简化模型
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6楼2012-12-11 13:34:38
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luke11

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yaozhq at 2012-12-11 13:34:38
热稳定性有非常多的理论  表面电荷分布 氨基酸组成等等的 简单的动力学模拟可能能看出一点点苗头 但是不保证能出来效果  前面有师兄研究过这个 最精确的模拟就是把整个蛋白质做量化计算 不过目前不可能做到 于是有很 ...

原来这么复杂
能不能看看你师兄的毕业论文
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7楼2012-12-11 17:47:59
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yaozhq

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by luke11 at 2012-12-11 17:47:59
原来这么复杂
能不能看看你师兄的毕业论文...

呵呵 他做到毕业也没把这个做出来
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luke11
8楼2012-12-12 02:26:46
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luke11

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by yaozhq at 2012-12-12 02:26:46
呵呵 他做到毕业也没把这个做出来...

谢谢  看来我得重新评估一下了
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9楼2012-12-12 10:00:00
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
9楼: Originally posted by luke11 at 2012-12-12 10:00:00
谢谢  看来我得重新评估一下了...

其实这个问题不用考虑的太复杂，哈哈~你是已有实验数据的，做计算只是为了解释你的实验结果而已~
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10楼2012-12-12 10:18:49
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