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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS运行结果出现nan
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS运行结果出现nan

改写了一段小的程序，运行计算的时候，屏幕上热力学输出都只显示nan，见附图，这是怎么回事阿？

Screenshot.png
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加油！
1楼 2012-12-07 11:12:56
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-09 23:11:22
WJ-MS: 金币+7, ★★★很有帮助 2012-12-17 09:23:36
引用回帖:
5楼: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-09 14:28:05
3d NaCl melt

units                metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style        charge

region                regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box        2 regbox
create_atoms        1 random 106 16 regbox units bo ...

create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
create_atoms        2 random 106 16 regbox units box

可能问题出在这了，两种粒子都是random分布的，有的可能重合在一起了。所以能量变得无穷大。

在第一次run之前minimize一下。
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9楼2012-12-09 22:19:11
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查看全部 21 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-11 21:30:01
WJ-MS: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-12-17 09:26:38
我记得这样是初始模型建立的好不引起的。还有把你的 in文件贴出来，让大家看看

你有木有先进行能量最小化？
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WJ-MS
2楼2012-12-07 14:04:29
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-08 20:08:34
初始构型的问题，在run之前先minimize一下。

http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

WJ-MS
3楼2012-12-08 04:58:17
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tracel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-08 20:08:51
如前几楼说的，构型不好，导致能量太大，超出了lammps所能记录的数字大小。
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WJ-MS
4楼2012-12-08 19:47:03
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查看全部 21 个回答
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