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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS运行结果出现nan
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS运行结果出现nan

改写了一段小的程序，运行计算的时候，屏幕上热力学输出都只显示nan，见附图，这是怎么回事阿？

Screenshot.png
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加油！
1楼 2012-12-07 11:12:56
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+3, 鼓励交流 2012-12-09 23:11:22
WJ-MS: 金币+7, ★★★很有帮助 2012-12-17 09:23:36
引用回帖:
5楼: Originally posted by WJ-MS at 2012-12-09 14:28:05
3d NaCl melt

units                metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style        charge

region                regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box        2 regbox
create_atoms        1 random 106 16 regbox units bo ...

create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
create_atoms        2 random 106 16 regbox units box

可能问题出在这了，两种粒子都是random分布的，有的可能重合在一起了。所以能量变得无穷大。

在第一次run之前minimize一下。
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9楼2012-12-09 22:19:11
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普通回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-11 21:30:01
WJ-MS: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-12-17 09:26:38
我记得这样是初始模型建立的好不引起的。还有把你的 in文件贴出来，让大家看看

你有木有先进行能量最小化？
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WJ-MS
2楼2012-12-07 14:04:29
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Bessel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-08 20:08:34
初始构型的问题，在run之前先minimize一下。

http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html
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WJ-MS
3楼2012-12-08 04:58:17
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tracel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-12-08 20:08:51
如前几楼说的，构型不好，导致能量太大，超出了lammps所能记录的数字大小。
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WJ-MS
4楼2012-12-08 19:47:03
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-07 14:04:29
我记得这样是初始模型建立的好不引起的。还有把你的 in文件贴出来，让大家看看

你有木有先进行能量最小化？

3d NaCl melt

units                metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style        charge

region                regbox block 0 18.8 0 18.8 0 18.8 units box
create_box        2 regbox
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
create_atoms        2 random 106 16 regbox units box
mass                1 23.0
mass     2 35.5
set type 1 charge 1.0
set type 2 charge -1.0

pair_style born/coul/long 10.0 8.0
pair_coeff 1 1 0.2640625 0.317 2.340 1.05 0.5
pair_coeff 1 2 0.21125 0.317 2.755 7 8.6875
pair_coeff 2 2 0.1584375 0.317 3.170 72.5 145.625
kspace_style ewald 1.0e-5

neighbor        0.1 bin
neigh_modify        every 5 delay 0 check no
timestep 0.005

compute          1 all msd        

velocity        all create 1073.0 87287 dist gaussian

run              0

thermo           5000

thermo_style     custom step etotal temp c_1[4]
thermo_modify    flush yes

dump             1 all custom 100000 dump.* id type x y z
dump             2 all cfg 100000 a*.cfg id type xs ys zs
dump_modify        1 element Na1 Cl2

fix              1 all npt temp 1073 1073 4 aniso 0 0 4

run              500000

unfix            1

fix              1 all nvt temp 1073 1073 0.1 drag 0.2

run              500000
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加油！
5楼2012-12-09 21:28:05
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-08 04:58:17
初始构型的问题，在run之前先minimize一下。

http://lammps.sandia.gov/doc/minimize.html

好的 我试一试哈
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加油！
6楼2012-12-09 21:28:52
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
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引用回帖:
4楼: Originally posted by tracel at 2012-12-08 19:47:03
如前几楼说的，构型不好，导致能量太大，超出了lammps所能记录的数字大小。

我回复了2楼in文件了，麻烦帮我看看呢，哪儿出了问题了……新手上路，还请多多直接哈
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加油！
7楼2012-12-09 21:30:56
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
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引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-12-07 14:04:29
我记得这样是初始模型建立的好不引起的。还有把你的 in文件贴出来，让大家看看

你有木有先进行能量最小化？

新手上路，还请多多指教呀！！！
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加油！
8楼2012-12-09 21:31:27
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-12-12 11:02:20
引用回帖:
9楼: Originally posted by Bessel at 2012-12-09 22:19:11
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
create_atoms        2 random 106 16 regbox units box

可能问题出在这了，两种粒子都是random分布的，有的可能重合在一起了。所以能量变得无穷大。
...

楼上所言甚是！

如果我没有理解错的话，楼主是想模拟氯化钠晶体的融化吧？

如果是这样的话，你的模型貌似有问题，
create_atoms        1 random 106 16 regbox units box
这个命令建立的原子位置是随机的。而氯化钠晶体中氯和钠的位置可不是这样的。你得根据晶体类型和晶格常数来生成初始位置吧？？？
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WJ-MS
10楼2012-12-09 23:14:20
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