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克隆一个未知基因,3‘端和5'端拿不完整怎么办?
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fengyunqb
新虫
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[交流]
克隆一个未知基因,3‘端和5'端拿不完整怎么办?
我是克隆一个未知的基因,首先拿到了大概1200BP的中间保守区,然后做3' 5'RACE,因为这个基因相近物种中还没有确切的公布,只有预测的,并且还长短不一,我也不知道3'端该有多长,5'端又该有多长。做RACE出现的条带有一大堆。我最终是想做表达看能不能表达的,这样子不用纠结3'端和5'端是不是走到头了对吗?因为这个基因CDS也就一千多点,编码的蛋白也就五百多个氨基酸。有谁能给我建议建议,谢谢。
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1楼
2012-11-14 09:58:09
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cute_man
铜虫
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如果做原核表达,拿到cds就可以分析ORF做表达了,要拿基因组序列,如果有基因组数据就简单了,直接往上比就能找到了
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23楼
2013-05-08 10:02:10
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quintas
铜虫
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2012-11-14 11:30:31
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助
2012-11-14 16:42:13
可以考虑分成两段做RACE, 拼接的时候注意一下就可以了。
建议直接PCR, P不出来再RACE, 酶可以用高保真的。
NCBI查一查, 比对一下亲缘关系, 在保守区设计引物, 个人认为效果比RACE好。
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2楼
2012-11-14 10:29:34
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fengyunqb
新虫
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2楼
:
Originally posted by
quintas
at 2012-11-14 10:29:34
可以考虑分成两段做RACE, 拼接的时候注意一下就可以了。
建议直接PCR, P不出来再RACE, 酶可以用高保真的。
NCBI查一查, 比对一下亲缘关系, 在保守区设计引物, 个人认为效果比RACE好。
恩,是的,但是RACE就是PCR啊,先反转录,然后PCR,用特异性引物和接头引物,做曹氏PCR。我想能拿多少算多少吧,实验纠结 太完美累死了。谢谢帮忙。
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3楼
2012-11-14 11:30:25
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木虫
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
fengyunqb: 金币+1
2012-11-15 13:14:57
3‘端是否完整还是容易,至于5’端看有无你所用的街头引物就好了啊
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4楼
2012-11-14 12:58:02
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