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njutjhy

铜虫 (小有名气)

[求助] PCR引物之NcoI的问题

想做个PCR,在设计引物时遇到点问题。故在此发帖求助列位虫友!
目的基因:5’-CAG ……-3'
目标载体:PET-28a
我想在目的基因上游加Nco I 酶切序列(C/ CATGG),也需要酶切序列中的ATG作为起始密码子。
但是后面多余了个G,会造成移码突变的。结合各种信息,用这个酶及其中ATG的处理方法
1.如果目的基因是以G开头的,那很好,直接使用。可惜我的不是!
2.可以在G之后根据引物的GC含量补充两个密码子。不知道这样会不会对酶的结构产生很大的影响?
3.把后面的目的基因第一个密码子改为G(譬如把CAG的改为GAG),但是这就是突变了,也应该会对酶产生影响的吧!
4.在CATGG后面随便加上两个密码子之后再加个ATG,再接上目的基因。不知道这样会对目的基因的表达产生什么影响?会不会导致表达量降低很多?
欢迎各位虫友表达针对以上各种方法阐述自己的意见,或者提出不同的建议!参与就有金币拿!
金币不多,先悬赏100个吧!

[ Last edited by yqbter on 2012-11-2 at 10:22 ]
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冷眼看世间冷暖,笑谈人生得失
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
njutjhy: 金币+10, ★★★很有帮助, 第一个回答的,果断奖励下! 2012-11-01 14:49:55
njutjhy: 金币+2, ★★★很有帮助, 建议很好,稍微奖励下! 2012-11-01 14:50:28
先确定一点的是不能有移码,否则产物完全不是目的蛋白了。能否加两个碱基来表达要看你的目的。一般来说,在蛋白的N端或者C端加几个氨基酸,对整个蛋白的结构和功能影响不大。但是你需要自己来验证。
3楼2012-11-01 14:35:41
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njutjhy

铜虫 (小有名气)

第一次发帖沉了!难道这次又沉了???
PS:话说笨虫发帖之前已经在站内搜索过了的,所以智能机器人推荐的没用啊!
冷眼看世间冷暖,笑谈人生得失
2楼2012-11-01 14:15:06
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susizheng

木虫 (著名写手)

我們是糖 甜到憂傷

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
njutjhy: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢! 2012-11-01 15:50:40
根据PET28的图谱,添加GC补齐,再跟你的基因就行了,多了一个氨基酸。影响不大。
Thank-you,so-blue.
4楼2012-11-01 15:29:54
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njutjhy

铜虫 (小有名气)

njutjhy: 回帖置顶 2012-11-02 17:08:54
没有更多人参与了呢?
只要参与就有金币拿啊!
冷眼看世间冷暖,笑谈人生得失
5楼2012-11-02 09:21:20
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