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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于建模的一点问题，求解答
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青青97

银虫 (小有名气)

[求助] 关于建模的一点问题，求解答

建模的时候出现Chosen position is within the specified tolerance(1.0) of existing atoms.看以前的帖子说是原子占据了，但这个怎么解决啊，我是从无机数据库下的数据，最主要的是让别人重建了一下他就没出现这个问题，但又看不出哪有什么不同来，各位大神求解答啊，谢谢
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1楼 2012-10-30 22:58:25
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digghost

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-03 13:26:34
引用回帖:
6楼: Originally posted by 青青97 at 2012-11-02 08:45:19
通过ICSD上的txt建模它不会告诉你晶格间距的啊？...

找到相邻原子的坐标，然后求距离，看是不是小于1A
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呵呵了
7楼2012-11-02 23:46:53
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-11-01 15:27:12
有时候直接从ICSD中导出的cif文件  直接导入到MS汇总 会出现原子重叠问题。这个感觉是ms识别不太好。
解决方法：你可以把ICSD中导出的cif文件，用另外以一种软件打开  转换一下格式 然后在导入到ms。
赞一下 回复此楼
从明天开始坚持吃早饭呀！
2楼2012-10-31 15:00:50
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青青97

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wzbhit at 2012-10-31 15:00:50
有时候直接从ICSD中导出的cif文件  直接导入到MS汇总 会出现原子重叠问题。这个感觉是ms识别不太好。
解决方法：你可以把ICSD中导出的cif文件，用另外以一种软件打开  转换一下格式 然后在导入到ms。

谢谢，我是根据txt文件建的，出现问题是因为什么啊？
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3楼2012-10-31 22:02:12
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Lathander

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流！ 2012-11-01 15:27:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青青97 at 2012-10-31 22:02:12
谢谢，我是根据txt文件建的，出现问题是因为什么啊？...

可能会在一个site有partial occupancy
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4楼2012-11-01 09:10:54
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