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青青97

银虫 (小有名气)

[求助] 关于建模的一点问题,求解答

建模的时候出现Chosen position is within the specified tolerance(1.0) of existing atoms.看以前的帖子说是原子占据了,但这个怎么解决啊,我是从无机数据库下的数据,最主要的是让别人重建了一下他就没出现这个问题,但又看不出哪有什么不同来,各位大神求解答啊,谢谢
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

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感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流! 2012-11-01 15:27:12
有时候直接从ICSD中导出的cif文件  直接导入到MS汇总 会出现原子重叠问题。这个感觉是ms识别不太好。
解决方法:你可以把ICSD中导出的cif文件,用另外以一种软件打开  转换一下格式 然后在导入到ms。
从明天开始坚持吃早饭呀!
2楼2012-10-31 15:00:50
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青青97

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wzbhit at 2012-10-31 15:00:50
有时候直接从ICSD中导出的cif文件  直接导入到MS汇总 会出现原子重叠问题。这个感觉是ms识别不太好。
解决方法:你可以把ICSD中导出的cif文件,用另外以一种软件打开  转换一下格式 然后在导入到ms。

谢谢,我是根据txt文件建的,出现问题是因为什么啊?
3楼2012-10-31 22:02:12
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Lathander

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


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xueht987: 金币+1, 鼓励交流! 2012-11-01 15:27:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by 青青97 at 2012-10-31 22:02:12
谢谢,我是根据txt文件建的,出现问题是因为什么啊?...

可能会在一个site有partial occupancy
4楼2012-11-01 09:10:54
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digghost

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流! 2012-11-01 15:27:22
你的晶格间距是多大,如果小于1A,则会出现上面的警告
呵呵了
5楼2012-11-01 15:05:06
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青青97

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by digghost at 2012-11-01 15:05:06
你的晶格间距是多大,如果小于1A,则会出现上面的警告

通过ICSD上的txt建模它不会告诉你晶格间距的啊?
6楼2012-11-02 08:45:19
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digghost

木虫 (著名写手)

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liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-11-03 13:26:34
引用回帖:
6楼: Originally posted by 青青97 at 2012-11-02 08:45:19
通过ICSD上的txt建模它不会告诉你晶格间距的啊?...

找到相邻原子的坐标,然后求距离,看是不是小于1A
呵呵了
7楼2012-11-02 23:46:53
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匿名

用户注销 (初入文坛)

本帖仅楼主可见
8楼2017-03-31 16:40:43
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