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zhao0916

银虫 (小有名气)

[求助] Lammps 模拟出现问题

大家好,
我按照论坛里面的一个帖子:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3712233进行模拟,原帖能进行模拟,虽然结果说是不好,但是我进行模拟出现问题:
ERROR:Bond/angle/dihedral extent > half of periodic box lenth.不知在MS建立的模型用不用先能量最小化再输出原子坐标?请求高手给予帮助,非常感谢!
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zhao0916

银虫 (小有名气)

没人答复啊!
2楼2012-10-30 10:08:46
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhao0916: 金币+10, 有帮助 2012-10-31 18:49:55
你建立的模型,在lammps中也要先进行能量最小化的

ERROR:Bond/angle/dihedral extent > half of periodic box lenth
这个错误提示说明你的模型有问题,

看错误提示吧:
http://lammps.sandia.gov/doc/Section_errors.html
3楼2012-10-30 10:27:19
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zhao0916

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-30 10:27:19
你建立的模型,在lammps中也要先进行能量最小化的

ERROR:Bond/angle/dihedral extent > half of periodic box lenth
这个错误提示说明你的模型有问题,

看错误提示吧:
http://lammps.sandia.gov/doc/Se ...

谢谢您的回复!我再看看试着解决吧!
4楼2012-10-31 18:49:40
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badercao

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

5楼2012-11-01 10:25:20
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by badercao at 2012-11-01 10:25:20
那这样的能量最小化应该怎么实现?使用minimiz命令吗...

是的
6楼2012-11-01 11:12:24
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thucs

铜虫 (初入文坛)

您好,我模拟时也出现这个问题,也是用MS建的模,能量最小化之后,再用lammps算的,请问具体是什么原因,怎么解决?
君子以自强不息
7楼2012-11-12 13:17:54
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