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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 看看我的PCR怎么了。。。
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萌主李萌萌

铜虫 (初入文坛)

[求助] 看看我的PCR怎么了。。。

如图，1~7是我用艾美耳球虫的特异性引物扩出来的条带，我用的模板是未经纯化很多种虫卵混合的DNA,1~7目的条带长度分别为217bp,218bp,198bp,132bp,280bp,289bp,166bp.可是目的条带之外还有很多杂带，除去引物二聚体的那些，哪位大虫虫能告诉我那是什么？怎么避免他们的出现？

20121013_副本.jpg
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互相学习，共同进步
1楼2012-10-16 17:13:59
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tulip1213

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
萌主李萌萌: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-18 16:40:15
做个梯度PCR吧，确定最佳退火温度；根据你目前的结果，有的需要降低退火温度，诱导需要提高退火温度
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2楼2012-10-16 18:30:34
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-17 14:52:17
萌主李萌萌: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-10-18 16:40:31
模板既然是混合的，出现其他条带也并不奇怪，可能有其他相似的序列。想要避免出现，建议先从PCR条件着手，优化一下PCR条件，看你条带其实也偏暗的，进一步说明PCR条件并不最优……
比如提高一下退火温度等
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3楼2012-10-16 18:34:42
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萌主李萌萌

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-10-16 18:34:42
模板既然是混合的，出现其他条带也并不奇怪，可能有其他相似的序列。想要避免出现，建议先从PCR条件着手，优化一下PCR条件，看你条带其实也偏暗的，进一步说明PCR条件并不最优……
比如提高一下退火温度等

可是我的引物是特异性的啊，针对到种的，还有我的退火温度已经58了，还能再提高么?
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互相学习，共同进步
4楼2012-10-17 10:06:35
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 萌主李萌萌 at 2012-10-17 10:06:35
可是我的引物是特异性的啊，针对到种的，还有我的退火温度已经58了，还能再提高么?...

种和种之间序列可能会极其相似；退火温度可以再提高一些看看，ls说的不错，可以试个梯度
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5楼2012-10-17 13:25:59
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夜樵

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

退火温度低了吧，有点拖带。做个梯度看看。
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6楼2012-10-20 16:28:22
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