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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用AMBER处理DNA分子，5‘端的碱基中的P与3个O为什么不能过力场？
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muniu

银虫 (初入文坛)

[求助] 用AMBER处理DNA分子，5‘端的碱基中的P与3个O为什么不能过力场？

已经用了力场parmbsc0,但是还是出现以下错误
FATAL:  Atom .R.A

does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
看了很多文献都不知道怎么处理，有没有人知道怎么解决啊？
十分感谢！！！
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1楼2012-10-16 11:13:40
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muniu

银虫 (初入文坛)
么有人做这个么？？？
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2楼2012-10-16 13:47:59
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koalabear8655

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-10-19 18:40:15
这4个原子要删掉～反正做RNA是这样，解晶体结构解出的是一个片段，这四个原子可以说是上一个碱基留下来的。真正的5端也不带这几个原子，，所以amber不认它们。直接删掉就行了。。
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3楼2012-10-19 17:42:12
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muniu

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by koalabear8655 at 2012-10-19 17:42:12
这4个原子要删掉～反正做RNA是这样，解晶体结构解出的是一个片段，这四个原子可以说是上一个碱基留下来的。真正的5端也不带这几个原子，，所以amber不认它们。直接删掉就行了。。

十分感谢！！但是我看到有的文献里是说可以认的啊，并且说对整个结构是有影响的，但是一直没找到解决办法。
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4楼2012-10-24 16:12:01
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