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feynman1965

金虫 (正式写手)

[求助] 关于内坐标的问题

#T RHF/6-31G(d) Opt Test

Ethylene Geometry Optimization

0 1
C
C 1 CC
H 1 CH 2 HCC
H 1 CH 2 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 4 180.
      Variables:
CC=1.31
CH=1.07
HCC=121.5
这种坐标写法，怎么和说明书上的直角和内坐标写法都不一样？怎么理解？
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1楼 2012-10-13 22:10:14
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雨晨田木

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
feynman1965: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-14 16:34:16
这个就是标准内坐标，CC和CH是两个长度，HCC是角度。这种写法的好处是减少了变量数目，这种写法利用了分子的对称性，通过将应该相等的2个变量用1个变量表示，把9个变量简化成了3个变量。这种写法有两个好处：1、保持了严格的分子对称性，2、节省了计算时间。同时要指出的是上述内坐标中的那3个180其实也是变量，也就是说这个内坐标体系中一共有6个变量。如果直接将CC、CH和HCC用各自数值替换，则表示是12个变量。
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[url=http://ip.WoTuLa.com][img]http://i.WoTuLa.com/note.png?name=雨晨田木&say=不要太辛苦哦。[/img][/url]
2楼2012-10-14 16:31:00
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feynman1965

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 雨晨田木 at 2012-10-14 16:31:00
这个就是标准内坐标，CC和CH是两个长度，HCC是角度。这种写法的好处是减少了变量数目，这种写法利用了分子的对称性，通过将应该相等的2个变量用1个变量表示，把9个变量简化成了3个变量。这种写法有两个好处：1、保持 ...

你好，谢谢你的回答！那个C 1 CC
中的1指什么？能不能简单说下这一行表示的意思？谢！
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3楼2012-10-14 16:35:40
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wang_dan1990

木虫 (小有名气)

风筝

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
C1指的是编号为1的C原子
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4楼2012-10-15 08:37:56
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wang_dan1990

木虫 (小有名气)

风筝

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
feynman1965: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-10-15 09:10:05
我得到的这个坐标的意思是：将第一行C认为是1号C原子，第二行的C是第二号C原子，第二行的C1 CC是指，第二号C原子与编号为1 的CC键 键长。H 1 CH 2 HCC 表示H与1号C原子的键长CH，以及C1，C2的夹角H-C-C。
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5楼2012-10-15 08:51:52
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feynman1965

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by wang_dan1990 at 2012-10-15 08:51:52
我得到的这个坐标的意思是：将第一行C认为是1号C原子，第二行的C是第二号C原子，第二行的C1 CC是指，第二号C原子与编号为1 的CC键 键长。H 1 CH 2 HCC 表示H与1号C原子的键长CH，以及C1，C2的夹角H-C-C。

谢谢你的回答！！
H 1 CH 2 HCC 3 180
这里面的3怎么理解？这个180是哪个二面角？这个文件是在高斯安装里的example里的文件，不知道在那能找到关于这种写法的说明！说明书里好像没有！
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6楼2012-10-15 09:11:42
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chenggong2008

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
feynman1965: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2012-12-09 13:18:45
feynman1965: 回帖置顶 2012-12-09 13:18:47
这个问题，我也关注了很久，最近终于看明白了，且听我仔细分析。

首先，原子编号的问题，以这个乙烯为例。原子共有6个原子，每行开头那个原子对应1、2、3、4、5、6号原子。内坐标的三要素就是键长、键角、二面角。
举例分析：
C
C 1 CC
H 1 CH 2 HCC
H 1 CH 2 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 4 180.
上面的第6行：H 2 CH 1 HCC 4 180是什么意思呢？
表示第6个原子，接在第二个碳原子上，对应的C-H键长的变量为CH，实质就是6号H原子与2号碳原子的键长。这行里的HCC表示一个角，角指6号H-2号C-1号C组成的夹角，顶点为2号碳原子。简单表示，就是6-2-1组成的角度。该行的180度，表示6-2-1-4号原子组成的二面角，二面角的相交线在2-1号原子的连线上。这样解释看大家明白没有？
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7楼2012-12-08 13:11:50
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