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cong-cong

铁虫 (初入文坛)

[求助] 大家帮看看我做这个系统发育树是否可用,做法是否正确,谢谢了~~

本人小硕一枚,分子生物学这方面完全就是菜鸟的级别。现在面临菌种的鉴定,已经给上海生工做了16s rDNA,得到了菌株的序列,也列出了DNA序列与之相近的几种菌。后面的做法是不是跟踪NCBI网站上所列出的菌的详细消息,复制ORIGIN后面的序列,做出TXT文档?我把我的未知菌的序列同样做了TXT文档,并且每个菌的序列单独做个文档,这样是正确的吧?后面是依照好心的虫友们提供的办法,用MEGA5.0建了发育树,现在就不知道这个发育树建得正不正确,该怎样分析?
PS:是不是那个99后的菌就是和我的菌最相同的啊?
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  • 附件 1 : 菌种确定分析.doc
  • 2012-10-11 20:17:06, 27.5 K

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cong-cong

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by mirror3895 at 2012-10-14 21:06:30
可以去模式菌株数据库(http://147.47.212.35:8080/index.jsp)比对一下看看结果,或者到RDP数据库比对也可以。单凭16S序列测定是不能鉴定细菌到种的。如果你只是想要个系统发育树,也要找模式菌株构建,如果是想做 ...

我现在就只想要个系统发育树,EzBiocloud(就是你上面那个网址)数据库里的菌株就是鉴定到种了的吗?比如像这个:Lysinibacillus fusiformis B14905,还有我看别人文章中的发育树选择的都没有编号的,就是这个:B14905,小白谢谢大家帮忙了
8楼2012-10-15 15:45:31
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查看全部 17 个回答

cong-cong

铁虫 (初入文坛)

没人帮我吗?小白求助。。。
2楼2012-10-13 18:29:23
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allencindy

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
http://147.47.212.35:8080/去这个网站比对一下看看相似性多高 NCBI的序列不可靠 看一下结果 再做打算
3楼2012-10-14 00:31:57
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allencindy

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你这个菌要是真是bacillus的话 通过分子鉴定是不够的 其他的还要做 看你更看重什么了
4楼2012-10-14 00:34:33
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