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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

[求助] lammps计算cna/atom

我是用MC模拟结晶过程的,得到了原子的坐标文件,现在想用cna来分析他们的结构情况。但是从来没有用过lammps,所以想问下有用过的,做我这个的大概流程是怎么回事,然后我好自己去学习,现在没有头绪啊。非常感谢!
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-11 21:11:37
zhang_jaj: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 非常感谢! 2012-10-12 13:05:34
先将数据写成lammps要求的格式,如下:
   ---------------------------------
   LAMMPS data file

   960 atoms

   3 atom types

   -15.00  15.00  xlo xhi
     0.00 100.00  ylo yhi
    -0.15   0.15  zlo zhi

   Masses

   1 12.01
   2 12.01
   3 12.01

   Atoms

   1    1   0.710   0.000   0.000
   ...
   ---------------------------------
之后用read_data读入即可。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2012-10-11 19:12:34
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zhang_jaj

木虫 (正式写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by bluewhale at 2012-10-11 19:12:34
先将数据写成lammps要求的格式,如下:
   ---------------------------------
   LAMMPS data file

   960 atoms

   3 atom types

   -15.00  15.00  xlo xhi
     0.00 100.00  ylo yhi
    -0.1 ...

非常感谢啊!我的是两种atom(ar和C)在一个60埃的box里面,我只想用lammps分析ar最后的结构。是不是这个应该写成
LAMMPS data file

   960 atoms(c和ar的总数吗)

   2 atom types

   0.00  60.00  xlo xhi
   0.00 60.00  ylo yhi
   0.00   60.00  zlo zhi

   Masses

   1 39.94
   2 12.01

   Atoms

   1    1   0.710   0.000   0.000
....
是不是应该写成这样,谢谢
3楼2012-10-12 09:13:51
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

关键是数据列要对上:
id  type   x  y  z
e.g.:
----
1  1  0 0 0
2  2  ...
3  ....
4楼2012-10-12 09:56:10
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