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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs水中的溶菌酶案例,哪出错了?
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] gromacs水中的溶菌酶案例,哪出错了?

gromacs水中的溶菌酶案例中,当选择力场后,出现Ｆile  input/output error,这个是什么原因?在蛋白质数据库下载file(text)格式还是file(gz)格式,下载完成后放在哪里?桌面还是gromacs文件夹?具体放在哪个文件夹呢?

溶菌酶.jpg
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1楼 2012-10-10 16:48:08
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2012-10-11 10:20:30
你应该仔细阅读软件给你提示的错误信息，还有就是要认真读读手册。

你的错误提醒里，很清楚的写着“1AKI.pdb”
你再猜猜看，应该是什么格式。

“下载完成后放在哪里?桌面还是gromacs文件夹?具体放在哪个文件夹呢?”
这个问题，打个比方，你想吃饭的时候，你是去餐厅还是去图书馆？
要运行的输入文件肯定是要放在你的工作目录里啊？

这种问题，你还可以试一试，放在桌面，或者是gromacs文件夹，运行不了几个问题，就会很混乱。
一个问题，一个工作目录
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2楼2012-10-10 21:12:56
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
内容已删除
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3楼2012-10-11 08:48:42
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
内容已删除
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4楼2012-10-11 10:21:41
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+3, 赞 2012-10-11 10:50:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanglang1987 at 2012-10-11 08:48:42
我是新手,应该下载file(text)格式,但是文件应该放在gromacs下面哪个目录呢?...

其实新手不是理由~呵呵~你需要知道的是你还没有了解linux和win下操作的区别，如果你安好了gromacs,你可以自己在任何一个地方建个文件夹，比如/home/XXX/simulation.把你需要的文件全放进这个文件夹，然后要调用gromacs进行运算时，直接输入 cd /home/XXX/simulation,意思就是在这个文件夹下进行操作，剩下的自己看看教程吧~
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5楼2012-10-11 10:23:35
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-11 10:23:35
其实新手不是理由~呵呵~你需要知道的是你还没有了解linux和win下操作的区别，如果你安好了gromacs,你可以自己在任何一个地方建个文件夹，比如/home/XXX/simulation.把你需要的文件全放进这个文件夹，然后要调用gro ...

谢谢大侠,问题已经解决.
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6楼2012-10-11 16:55:00
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seuchenchen

新虫 (初入文坛)
你好  我也遇到你这个问题  我该怎么解决呢  谢谢
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7楼2015-08-11 15:43:19
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庚晨绮梦

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wanglang1987 at 2012-10-11 16:55:00
谢谢大侠,问题已经解决....

请问，具体您是怎么操作的？
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fighting
8楼2016-03-07 21:07:59
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