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li_shuangyan

银虫 (小有名气)

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[求助] 50金币寻找过渡态求助，请高手们指点

这个机理很简单，就是把圆环上的N原子及它附带的硝基，往八元环平面的上方或者下方走就行了。
有四个构型，分别是船型alpha，椅型beta，船船型BB，船椅型BC。现在寻找这四个构型相互之间的过渡态，用qst2算出虚频太小。现在打算用opt(modredundant),但实在是不知道应该扫描哪一个二面角，该固定哪个原子。
貌似opt（modredundant）时，还要看分子输入部分哪些原子随着哪些来变，有可能还要改一些原子顺序。真被他们搞的头大了。
构型在所附截图和gjf文件中，请高手们帮忙看看如何调整，小女子万分感激！

alpha.jpg

BB.jpg

BC.jpg

BETA.jpg

[ Last edited by li_shuangyan on 2012-10-9 at 11:04 ]

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附件 1 : 4个gjf.rar

2012-10-09 10:57:29, 3.72 K

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1楼 2012-10-09 11:01:33

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sesy

木虫 (小有名气)

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引用回帖:

11楼: Originally posted by li_shuangyan at 2012-10-11 21:09:14
对alpha做过一个modredundant,来扫描二面角.
结合能量看结构得到的：从alpha经过一个能量高峰；下来到BC，能量再次上升,经过BB-BC的过渡态后，能量又下降到BB.
这能不能说明，BC是alpha——BB的中间体呀？这 ...

两个过渡态得到的BC是一样的、结构能量差别不大的话，那就是了。。。