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汕头大学海洋科学接受调剂
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xdr

金虫 (正式写手)

[求助] 聚合物拉伸

之前在lammps网站上看到一个模拟聚合物拉伸的例子,但是运行之后发现应力值有问题,试着修改了很多参数还是没有找到原因,请各位指点:
in文件
# Initialization
units                        real
boundary         p p p
atom_style        molecular
read_data         data-lammps.txt

# Dreiding potential information
neighbor        0.4 bin
neigh_modify        every 10 one 10000
bond_style      harmonic
bond_coeff        1 350 1.53
angle_style     harmonic
angle_coeff        1 60 109.5
dihedral_style        multi/harmonic
dihedral_coeff        1 1.73 -4.49 0.776 6.99 0.0
pair_style        lj/cut 10.5
pair_coeff        1 1 0.112 4.01 10.5

# Equilibration Stage 4 (NPT dynamics at 100 K)
fix                1 all npt temp 100 100 50 iso 0 0 1000 drag 2
fix                2 all momentum 1 linear 1 1 1
thermo_style        custom step temp press epair ebond eangle edihed pxx pyy pzz lx ly lz
thermo          1000
timestep        0.5
reset_timestep         0
run                50000
unfix 1
unfix 2

# Uniaxial Tensile Deformation
run  0
fix                1 all npt temp 100 100 50 y 0 0 1000 z 0 0 1000 drag 2
fix                2 all deform 1 x erate 1e-5 units box remap x
thermo_style        custom step temp pxx pyy pzz lx ly lz epair ebond eangle edihed
thermo            100
timestep               1
reset_timestep         0
dump               1 all atom 1000 dump1.lammpstrj
run                        171800

data文件
    100     atoms
      99     bonds
      98     angles
      97     dihedrals

         1     atom types
         1     bond types
         1     angle types
         1     dihedral types

    0.0000   158.5000 xlo xhi
    0.0000   158.5000 ylo yhi
    0.0000   100.0000 zlo zhi

Masses

         1          14.02

Atoms

         1         1         1    5.6240    5.3279   51.6059
……(省去)
Bonds

         1         1         1         2
……(省去)
Angles

         1         1         1         2         3
  ……(省去)
Dihedrals

         1         1         1         2         3         4
……(省去)

log文件(只列出拉伸的部分数据)
Step Temp Pxx  Lx   
       0    99.789705   0.38065973    275.47105        
     100    101.88813    0.5177075   275.74652     
     200    107.26163   0.31814294      276.02199     
     300    91.681759 -0.054211006    276.29746     
     400    104.34186  -0.30922012     276.57293     
     500    93.074487   0.80893489      276.8484   
     600     93.14631   0.67074702        277.12387     
     700    95.795549   0.79213256       277.39934   
     800    85.602899   0.08175127    277.67482     
     900    101.17604   0.31384049    277.95029     
    1000     109.7724    0.1937424     278.22576   
    1100     98.72743   0.11628565    278.50123   
    1200    112.30888   -0.3747989      278.7767   
    1300    98.345275  -0.73043229    279.05217   
    1400     97.97989   0.54237926      279.32764

看到一些例子,都是金属或者纳米管、石墨烯类似,atom_style atomic,有人试过molecular的吗?
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