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汕头大学海洋科学接受调剂
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yandafsd

银虫 (小有名气)

[求助] PA键对分析软件

我想利用对分析方法，是不是得借助PA键对分析软件啊？还有这个软件是免费的吗？在哪里可以下到？有源代码更好，可以在Linux下编译运行
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1楼 2012-09-25 15:54:52
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lr553104284

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-28 09:42:02
引用回帖:
3楼: Originally posted by yandafsd at 2012-09-27 16:17:32
是Pair Analysis, 具体要这种：分析中用原子对(Atomic Pair)识别一对原子之间的成键关系，即他们和周围共有的近邻原子之间的成键关系，以及这些共有的近邻原子之间的成键关系。这里所谓成键是指两个原子之间距离小 ...

可以！这跟体系大小关系不大。而且应该编程难度不大！用C++就行。没有教程。你具体说说哪里不会编吧！
ps：湖南大学刘让苏课题组在这方面很强！
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4楼2012-09-27 18:32:15
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lr553104284

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-25 20:05:13
Pair Analysis吗？只要借助于键对分析的方法都属于PA法的范畴内。你具体要那种？应该是没有开源软件的，但自己编应该很简单。
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2楼2012-09-25 19:44:05
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yandafsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-09-25 19:44:05
Pair Analysis吗？只要借助于键对分析的方法都属于PA法的范畴内。你具体要那种？应该是没有开源软件的，但自己编应该很简单。

是Pair Analysis, 具体要这种：分析中用原子对(Atomic Pair)识别一对原子之间的成键关系，即他们和周围共有的近邻原子之间的成键关系，以及这些共有的近邻原子之间的成键关系。这里所谓成键是指两个原子之间距离小于或等于由g(r) 第一谷确定的最近临距离。Honecutt Andersen用4个指数 ijlm 来标识各种类型的原子对：i =1表示任意原子对AB成键，i=2表示不成；j 表示A、B原子周围同时与A、B成键的原子数目；l 表示与A、B成键的j个原子之间成键的数目；由于I、j、l不能唯一确定某些原子集团、所以要加上另外一个参数m来标识l 所反映的成键方式。
我需要分析的粒子数少则几万，多则几十万，可以分析吗？还有怎么编？有教程吗？谢谢您了
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3楼2012-09-27 16:17:32
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yandafsd

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lr553104284 at 2012-09-27 18:32:15
可以！这跟体系大小关系不大。而且应该编程难度不大！用C++就行。没有教程。你具体说说哪里不会编吧！
ps：湖南大学刘让苏课题组在这方面很强！...

谢谢，回复晚了，我用的软件是xmd（分子动力学），输出的.cor文件，我想用PA读取它，从而分析1551、1541、1441....等所占的数量，我的服务器系统是Linux(Ubuntu11.10,64位)的，个人电脑系统是xp的，它们通过ssh远程连接，因为没编过这方面的程序，想有个程序样本，从而编译出相应系统下的软件，您看可以吗？
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5楼2012-09-28 18:40:26
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