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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 碳纳米管设成rigid
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dry6211

新虫 (初入文坛)

[求助] 碳纳米管设成rigid

研究CNT在Ar剪切流体中的运动情况，希望时间步长能够取大一点儿，这样计算的快一些，因此考虑将CNT设成刚体，用fix rigid，但是Ar原子出现了lost atoms，程序关键部分如下：
fix               6 cnt rigid single
compute           mobile ar temp/partial 1 0 1                         （计算ar的温度，流动方向y的速度不算）
velocity          ar create 300.0 341233 temp mobile
fix           1 nrigid nve                                                           （nrigid代表不是CNT的流体部分，用NVE）
fix           2 ar temp/rescale 100 300.0 300.0 5.0 1.0
fix_modify        2 temp mobile

另外：
neighbor           2.0 bin
neigh_modify       delay 5 exclude group cnt cnt
timestep          0.01                                                        （10fs，这个时间对于纯Ar流体的计算是合理的）

原本考虑C-C键相互作用时timestep是0.001（1fs），没问题，现在CNT是刚体时设成0.001也行，但是增大就不行了，另外这个neighbor怎么设我也不太清楚
小弟求各位大牛帮忙！！！！
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1楼 2012-09-17 22:37:06
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dry6211

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-17 23:57:04
lost atoms一般来说有如下原因：
1）时间步长太大
2）初始构型不合理
3）力场不对
4）另外一个原因就是体系不稳定，而调控温度的间隔过大，也就是在fix 1 nvt temp t1 t2 t3中的t3太大。


另外要确认你的单 ...

1.时间步长有意取大，如果rigid建立合理就应该没问题
2.初始构型肯定对，在别的问题中算过
3.力场很有可能有问题，可是现在看不出来，还请指教
4.没用到nvt
还请版主再指点一下
赞一下 回复此楼
3楼2012-09-18 00:17:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+5, 谢谢~ 2012-09-18 09:06:27
lost atoms一般来说有如下原因：
1）时间步长太大
2）初始构型不合理
3）力场不对
4）另外一个原因就是体系不稳定，而调控温度的间隔过大，也就是在fix 1 nvt temp t1 t2 t3中的t3太大。


另外要确认你的单位。
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2楼2012-09-17 23:57:04
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