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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

[求助] 序列筛选

各位,求助!我测序拿到几十条序列后,有什么快速的方法能够对其进行筛选,知道中间哪些序列是相同的,哪些是不同的?
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mahoumeimei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
11楼: Originally posted by 272401213 at 2012-09-20 09:01:13
如果1、2个碱基不同,那么它们肯定就不是“相同”序列啦!如果它们不同的碱基是第三个密码子,那么它们翻译出来的蛋白是相同,而且也有可能有多种剪切方式,功能也不一样!你所说的“相同”,还是得看你是干什么用 ...

我做的是16s克隆,为了做菌群分析的。序列间差别几个碱基对我的blast结果其实并没有什么影响。所以不知道这样的算不算相同序列。
12楼2012-09-20 19:45:09
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ysn5048

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:02
个人认为最快速的方法就是利用软件进行序列比对了,推荐软件DANMAN或者Vector NTI
有时候,一句话,可以改变未来
2楼2012-09-16 22:57:40
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biofuture

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+3 2012-09-18 08:52:26
很简单 两两比对就行了,用序列比对软件 算Needlmen距离, 或者你要看哪些序列式一模一样的话 , 写个perl脚本 unique一下就可以了。 最简单的就是用blast对序列建库, 再用这些序列搜索库。
年轻人就应该奋斗
3楼2012-09-17 00:11:36
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272401213

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
mahoumeimei: 金币+6, ★★★很有帮助 2012-09-18 08:52:50
给你这个网站!http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html
只要把所有的序列粘进去~就好!很直观!
YNWA
4楼2012-09-17 07:34:56
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