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xx4751

铜虫 (正式写手)

[求助] lammps read_data 文件格式

lammps  read_data 文件格式是怎么样的,能传一份给我看看吗?谢谢啊!
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blueybz

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-14 15:32:53
可以,比如我建立的双链dna分子模型:ploy(A-T)20.psf 和 ploy(A-T)20.pdb
先导入的VMD中:
mol load psf ploy(A-T)20.psf pdb ploy(A-T)20.pdb
然后直接输出成lammps 的data文件:
topo writelammpsdat ...

谢谢版主分享。有个问题,我刚才在vmd中输入命令,得到的结果和版主一样。要是用鼠标选择加载文件,得到的data原子类型是40,不知道什么原因?另外,为什么要加载2个文件呢?pdb是什么用处?刚学习,请多指教
12楼2012-10-16 12:24:22
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查看全部 13 个回答

lchchl

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-09-12 21:41:20
lammps的安装目录下面有很多啊,你可以自己去找看需要什么样的!
为什么小木虫每天都是扣四个金币!!!!!!
2楼2012-09-12 19:03:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-09-14 11:56:25
引用回帖:
2楼: Originally posted by lchchl at 2012-09-12 19:03:41
lammps的安装目录下面有很多啊,你可以自己去找看需要什么样的!

顶楼上!


或者楼主可以在vmd中随便见一个模型,然后在vmd中输入命令
topo writelammpsdata yourmodel.data
然后打开yourmodel.data 文件就能看到文件的格式了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2012-09-12 22:07:59
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Tanya_snail

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞!讲解的真细致! 2012-09-13 09:53:11
data文件有两种格式,一种是二进制文件,一种是ascii文件,一般来说,我们可以看到的都属于ascii文件。ascii文件由两部分组成,一是文件头,二是原子信息。文件头包括一些说明的内容,还有原子数、键类型数、盒子的三维坐标上下界等一系列信息,原子信息部分就包括了每个原子的ID,三维坐标,类型等等信息,根据你选的atom_type不同,显示的内容也不一定相同。但至少都包括有原子ID以及坐标的信息。vmd中关于输出data文件的命令的完整格式为:topo writelammpsdata filename atom_type,在atom_type缺省的情况下默认为full。至于不同的atom_type有什么区别,参见lammps官方手册中atom_type的部分。这里要说明一点,lammps里面有一个命令叫write_restart,这个命令输出的data文件是二进制文件,所以我们使用文本编辑器打开之后看到的都是01这样的二进制数,可以使用一些小程序将二进制文件转换成文本文件(ascii文件),这些程序lammps工具包里有。
4楼2012-09-13 09:48:13
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