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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps 怪现象
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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps 怪现象

各位好：
         模拟中有水分子，dump采用xyz输出，边界的水分子被打散，运行一段时间，vmd显示水分子始终在盒子内，但同样的条件运行，采用xuyuzu输出，边界的水分子完整，没有被打散，但运行后，显示水分子跑出盒子，请问怎么回事，如何解决这一问题？
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1楼 2012-09-10 10:32:50
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blueybz

木虫 (正式写手)
好像不矛盾啊，这不是正好符合吗。
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4楼2012-10-19 18:50:49
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-10 15:28:13
好好看看这里：http://lammps.sandia.gov/doc/dump.html

先搞明白xuyuzu    xyz  是什么意思
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2楼2012-09-10 15:05:54
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yiha

新虫 (初入文坛)
谢谢回复，xu yu zu是原子的真实坐标，x y z是映像后的坐标，所以xu输出，原子会跑出盒子，但是在模拟结果中，一水分子的O H H的x坐标分别为12.0143,11.9941,0.882，对应的xu坐标分别为0.1373,0.1171.0.882，盒子尺寸11.877，采用xyz输出边界水分子被打散，xuyuzu输出就保持完整，那与上面的xu yu zu是原子的真实坐标，x y z是映像后的坐标就成矛盾了，想问哪里出错了
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3楼2012-09-10 16:48:29
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