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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps 怪现象

各位好:
         模拟中有水分子,dump采用xyz输出,边界的水分子被打散,运行一段时间,vmd显示水分子始终在盒子内,但同样的条件运行,采用xuyuzu输出,边界的水分子完整,没有被打散,但运行后,显示水分子跑出盒子,请问怎么回事,如何解决这一问题?
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-10 15:28:13
好好看看这里:http://lammps.sandia.gov/doc/dump.html

先搞明白xuyuzu    xyz  是什么意思
2楼2012-09-10 15:05:54
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yiha

新虫 (初入文坛)

谢谢回复,xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标,所以xu输出,原子会跑出盒子,但是在模拟结果中,一水分子的O H H的x坐标分别为12.0143,11.9941,0.882,对应的xu坐标分别为0.1373,0.1171.0.882,盒子尺寸11.877,采用xyz输出边界水分子被打散,xuyuzu输出就保持完整,那与上面的xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标就成矛盾了,想问哪里出错了
3楼2012-09-10 16:48:29
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blueybz

木虫 (正式写手)

好像不矛盾啊,这不是正好符合吗。
4楼2012-10-19 18:50:49
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