24小时热门版块排行榜    

查看: 1110  |  回复: 3

yiha

新虫 (初入文坛)

[求助] lammps 怪现象

各位好:
         模拟中有水分子,dump采用xyz输出,边界的水分子被打散,运行一段时间,vmd显示水分子始终在盒子内,但同样的条件运行,采用xuyuzu输出,边界的水分子完整,没有被打散,但运行后,显示水分子跑出盒子,请问怎么回事,如何解决这一问题?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-09-10 15:28:13
好好看看这里:http://lammps.sandia.gov/doc/dump.html

先搞明白xuyuzu    xyz  是什么意思
2楼2012-09-10 15:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yiha

新虫 (初入文坛)

谢谢回复,xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标,所以xu输出,原子会跑出盒子,但是在模拟结果中,一水分子的O H H的x坐标分别为12.0143,11.9941,0.882,对应的xu坐标分别为0.1373,0.1171.0.882,盒子尺寸11.877,采用xyz输出边界水分子被打散,xuyuzu输出就保持完整,那与上面的xu yu zu是原子的真实坐标,x y z是映像后的坐标就成矛盾了,想问哪里出错了
3楼2012-09-10 16:48:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

blueybz

木虫 (正式写手)

好像不矛盾啊,这不是正好符合吗。
4楼2012-10-19 18:50:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yiha 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +7 瞬息宇宙 2026-08-12 7/350 2026-08-13 09:33 by Tide man
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] FileCode能看出啥? +8 要乐观耀哥 2026-08-10 23/1150 2026-08-13 00:35 by 要乐观耀哥
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] filecode +13 documentary 2026-08-10 15/750 2026-08-12 15:56 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +8 Tide man 2026-08-10 9/450 2026-08-11 20:39 by beefly
[基金申请] 有时候,自然基金真的不能太认真 (我的申报经验) +3 majunge000 2026-08-11 4/200 2026-08-11 20:13 by lch2012
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] filecode变化情况 +6 布布和一二 2026-08-07 22/1100 2026-08-07 14:45 by 且听虎啸
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
信息提示
请填处理意见